一些生信工具的总结

1.数据下载软件 aspera，ubuntu下的下载方式为：

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/conne ct/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz

之后，tar -zxvf进行解压，安装成功。

2.ncbi中SRA的ftp下载链接为： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/， SRA数据库的格式为：

ERP或SRP表示Studies
SRS表示Samples
SRX表示Experiments
SRR表示Runs；

在文献中，或者数据库中找到SRP/ERP/SRX/SRS/SRR这些序列号，（SRA数据库中存放的是测序原始数据），然后进入ftp进行下载，比如假设看见一篇文章的SRA数据库的一个序号：SRR6208854。 我们进入SRAftp进行数据下载，逐步定位到该序列：

可以看见这条序列的完整信息是大概有563MB。 如果用普通的ftp格式进行下载将会异常缓慢，所以我们采用aspera的fasp传输协议进行数据下载。 复制ftp的url：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra

将其改为：

anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra

然后使用aspera进行下载：

 ~/.aspera/connect/bin/ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra  ./

-T 不使用加密 -i 指定openssh（通用）

之后序列下载成功，这样原始序列我们就得到了。

如果需要批量下载数据的话，使用命令：

/.aspera/connect/bin/ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  --user=anonftp  --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --mode=recv   --file-list  ~/1.sra  ./

user是使用者，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。 host是你需要链接的主机，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为 fasp.sra.ebi.ac.uk。 --file-list是你的文件列表 后面跟上你所需要下载的文件的列表 --mode=string 选择模式，上传为 send，下载为 recv（这个在有file-list时为必须的）

慢慢写，不着急

全文结束,欢迎在评论区讨论~