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社区首页 >专栏 >R语言:快速读取txt文件

R语言:快速读取txt文件

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努力在北京混出人样
发布2019-02-18 16:36:21
发布2019-02-18 16:36:21
4.4K00
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文章被收录于专栏:祥子的故事祥子的故事
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用R语言来读取600多M的txt文件,使用常用的read.table,太费时间。想起之前用readr包来读取csv、spss的、sas、excel的很快,便尝试了翻。

直接上代码:

代码语言:javascript
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> library(readr)
> a1=Sys.time()
> BRCA_RNAseqGene<-read_delim("20151101-BRCA-RNAseqGene.txt", "\t", escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE)
Parsed with column specification:
cols(
  .default = col_character()
)
See spec(...) for full column specifications.
|================================================================================| 100%  611 MB
                                                                                |   0%           
Warning message:
Duplicated column names deduplicated: 'TCGA-A1-A0SB-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SB-01A-11R-A144-07_1' [3], 'TCGA-A1-A0SB-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SB-01A-11R-A144-07_2' [4], 'TCGA-A1-A0SD-01A-11R-A115-07' => 'TCGA-A1-A0SD-01A-11R-A115-07_1' [6], 'TCGA-A1-A0SD-01A-11R-A115-07' => 'TCGA-A1-A0SD-01A-11R-A115-07_2' [7], 'TCGA-A1-A0SE-01A-11R-A084-07' => 'TCGA-A1-A0SE-01A-11R-A084-07_1' [9], 'TCGA-A1-A0SE-01A-11R-A084-07' => 'TCGA-A1-A0SE-01A-11R-A084-07_2' [10], 'TCGA-A1-A0SF-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SF-01A-11R-A144-07_1' [12], 'TCGA-A1-A0SF-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SF-01A-11R-A144-07_2' [13], 'TCGA-A1-A0SG-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SG-01A-11R-A144-07_1' [15], 'TCGA-A1-A0SG-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SG-01A-11R-A144-07_2' [16], 'TCGA-A1-A0SH-01A-11R-A084-07' => 'TCGA-A1-A0SH-01A-11R-A084-07_1' [18], 'TCGA-A1-A0SH-01A-11R-A084-07' => 'TCGA-A1-A0SH-01A-11R-A084-07_2' [19], 'TCGA-A1-A0SI-01A-11R-A144-07' => 'TCGA-A1-A0SI-01A-11R-A144-07_1' [21], 'TCGA-A1-A0SI-01A-... <truncated>
> a2 =Sys.time()
> a2 -a1
Time difference of 43.15733 secs

用时不到44秒,超级的快。

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原始发表:2016年12月16日,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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