一步法中混合线性模型方程组构建和控制--blupf90

参考文献

http://nce.ads.uga.edu/wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf

1，ABLUP VS SSGBLUP

传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于，原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵

传统的动物模型计算BLUP值

根据系谱计算A矩阵，然后使用Henderson方程组计算BLUP（EBV值）

SSGBLUP计算BLUP值

2，BLUPF90怎么进行SSGBLUP分析

• RENUMF90进行命令对数据预处理
• BLUPF90进行SSGBLUP的计算（已知方差组分时）
• AIREMLF90进行SSGBLUP方差组分估算（未知方差组分时）
• PREGSF90进行H逆矩阵的计算

2.1 renumf90预处理数据

2.2 blupf90计算H矩阵以及育种值

2.3 pregsf90计算H矩阵

主要作用:

• 根据基因组数据构建G矩阵
• 根据系谱构建A矩阵
• 根据公式构建H逆矩阵

3, 构建H矩阵的参数设置

4, 基因组数据的筛选

5, 亲子鉴定的作用

6, G矩阵结果数据挖掘

6.1 检测异常个体

G矩阵中,某些个体对角线有较高的值, 有可能这个个体不是群体内的个体, 可能来源其它群体或者家系, 或者call rate值较低.

6.2 检测重复样本

如果某两个个体的亲缘关系大于0.9, 则表明这两个个体可能是重复样本

6.3 G矩阵和A22矩阵的关系

G矩阵和A22矩阵是相同个体构建的G矩阵和A矩阵, 他们应该是由很高的相似性. 如果对角线和非对角线相似度较低, 表明是有一些问题的. 需要引起重视, 可能是测序个体ID错误, 可能是数据量较少等等

6.4 根据基因组数据进行PCA分析

7, 构建A22矩阵时的高效方法

可以看出, 构建A22矩阵时, 使用57000系谱数据, 6500测序个体, Tabular用了311s, 内存占用12G, 而Colleau method用了45s, 内存占用322Mb. 使用Colleau方法更合适

8, 使用BLUPF90构建H逆矩阵输出

如果想要使用DMU, ASREML或者WOMBAT利用blupf90构建好的H逆矩阵, 需要输出Original ID的形式. 然后转化为DMU和ASREML的格式即可.

基因组选择：

育种数据分析中，表型选择，方差分析，混合线性模型的BLUP育种值是学科的枝干，MAS，GWAS是花苞, GS则是盛开的花朵，其依赖于常规的数量遗传理论，但青出于蓝而胜于蓝，具有光明的前景，由于GS的应用，分子育种的落地又大大提前了一步。现在GS在动物育种中，特别是牛，猪，鸡，羊中正在大规模落地，以后再玉米，水稻，小麦，大豆的应用也将落地。冬天来了，春天还会远么？ 这个章节有文献解析，SNP数据清洗，G矩阵及H矩阵构建，模拟数据，软件使用，理论介绍等等。