TSGene:肿瘤抑癌基因数据库

抑癌基因tumor suppressor gene，简称TSG,是一类存在于正常细胞内，可以抑制细胞生长并且具有潜在抑癌作用的基因。TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库，文章发表在Nucleic Acids Research，链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154

数据库的网址如下

https://bioinfo.uth.edu/TSGene/

最新版本为v2.0版本，共收录了1217个human TSGs, 其中包含1018个蛋白编码基因和199个lncRNA，同时对这些基因进行了多种注释，包括表达量，突变位点，蛋白相互作用等注释信息。通过官网的Query菜单，可以检索基因的详细信息，以BRCA1为例，结果如下

1. General information

包含了基因名称，染色体位置，对应的pathway与疾病，序列等信息，示意如下

2. Literature

展示了该基因相关的文献和摘要信息，示意如下

3. Expression

展示该基因在不同肿瘤的正常和患病样本的表达量信息，以及差异分析的结果，示意如下

4. Regulation

包含了以下四种调控信息

1. miRNA与该基因的调控关系
2. 转录因子与该基因的调控关系
3. 该基因的转录后修饰
4. 该基因的甲基化表达谱

利用miRTarBase数据库中的miRNA靶基因信息，提供了如下所示的miRNA调控网络，示意如下

利用TransFac数据库提供了调控该基因的转录因子信息，示意如下

利用Uniprot数据库提供了该基因的转录后修饰信息，示意如下

利用DiseaseMeth数据库提供了该基因上的甲基化位点表达谱信息，示意如下

5. Variant

利用COSMIC数据库，提供了该基因上的体细胞突变和CNV位点信息，体细胞突变的结果示意如下

6. Interaction

提供了基因的相互作用信息，其相互作用来源于多个数据库，示意如下

数据库中的信息是免费下载的，这个数据库和ONGene数据库正好互补，对于肿瘤研究而言，这两个数据库都非常值得参考。