eggnog-mapper软件的安装配置

之前知道eggnog-mapper这个工具做功能注释很强大，自己也尝试安装过。最开始利用软件中的脚本下载数据库文件，但是速度非常感人。也尝试过其他工具下载数据库文件，如linux下的wget和windows下的Free Download Manager软件。记得当时wget命令下载当时也是非常慢来着。最后是用Free Download Manager软件下载到自己windows电脑，然后再上传到课题组服务器。可是数据库文件非常大，这一步又耗费了好长时间。上传成功后，解压又遇到了问题。自己也不知道问题出在哪里。前前后后大约花了两天时间，加之当时也不着急使用这个软件，遂放弃。前几天看到一位师弟发朋友圈，大体内容是利用这个软件做了注释并构建了自己物种的orgDB。遂 请教之。师弟发给了我他构建自己研究物种的OrgDB用到的代码和安装eggnog-mapper软件的微信文章。

安装软件的微信文章

《使用eggnog-mapper进行功能注释》

数据库文件下载链接

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz

将数据库文件下载到data文件夹下

这次使用wget命令成功下载，试着运行软件自带数据成功

python emapper.py -i test/test_queries.fa --output out -m diamond --cpu 8

这个软件是python2版本的，使用之前我先创建了一个python2的虚拟环境

conda create -n emapper python=2.7
conda activate emapper

以上是使用diamond做注释，这个软件还可以使用hmmer做注释，印象里好像还得配置hmmer的数据库。而且这个数据库文件非常大，而且数据库文件有好几个，这里我先不尝试了。

同时这个软件还有一个在线版 http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper

在线版运行也很快，我之前试过两万多条蛋白序列，基本上一个晚上就能得到结果

软件的详细介绍

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83144768