R科研绘图调色板—ggsci
R科研绘图调色板—ggsci
生信编程日常
发布于 2020-04-01 15:35:23
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ggsci是R中的一个包，提供了一系列颜色给ggplot2调色。里面包括了一些知名杂志期刊或者软件（甚至是知名科幻电影、动画等）的经典配色风格，对于科研绘图是相当有帮助的。下边介绍一下这个包的用法和内容，如果想要自己查看说明，可以在R中输入
vignette("ggsci")来快速查阅。 首先可以通过以下两种方式下载ggsci：
# download ggsci package
install.packages("ggsci")
#install.packages("devtools")
devtools::install_github("nanxstats/ggsci")下载下来后，可以用diamonds数据集来看配色效果：
library(ggsci)
library(ggplot2)
library(gridExtra)
data('diamonds')diamonds数据集的内容主要是：
image
由于原数据太大，将对数据进行一些筛选再进行作图，先用ggplot做出点图(scatter plot)和箱型图(boxplot)：
# 散点图
p1 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2),aes(x = table, y = price, colour = cut)) + geom_point(alpha = 0.7) + geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) + theme_bw()
p1
# 箱线图
p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2), aes(x = color, y = price, fill = color)) + geom_boxplot(color = 'black') + theme_bw()
p2散点图：
image
箱线图：
image
下面根据ggsci中的scale_color_xx或者scale_fill_xx（xx为杂志或者软件的名字）配色。
新英格兰杂志（NEJM）：
p1_nejm = p1 + scale_color_nejm()
image
柳叶刀（Lancet）：
p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()
image
基因组可视化软件IGV：
p1_igv = p1 + scale_color_igv()
image
知名动画瑞克和莫蒂：
p1_rick = p1 + scale_color_rickandmorty()
image
科幻电影创战纪（Tron: Legacy）:
p1_tron = p1 + theme_dark() + scale_color_tron()
image
还有一些别的配色没有展示，感兴趣可以自己查阅探索~
学习更多的生信/编程小知识，欢迎关注～
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