BioMart下载多个基因的同源基因

引言

上期介绍了怎么通过Ensembl网站下载单个基因的同源基因序列，这期顺着上期的留言介绍一下怎么通过Ensembl网站下载多个基因的直系同源基因，用到的工具是Ensembl网站的Biomart功能。

01

进入BioMart

首先还是先进入Ensembl网站(www.ensembl.org), 点击网页上的Biomart选项，具体位置为下面网页中红框圈出的位置。

点击后进入Biomart的页面，具体界面如下所示：

由页面可以看到Biomart页面分为左右两个部分，左边的部分相当于是Biomart操作的导航栏，右边部分用来选择一些具体的数据类型信息。

02

选择Dataset

点击右边的CHOOSE DATASET 就会出现红框中圈出来的下拉框，从下拉框中可以看出Biomart的数据集分为四类，分别是Ensembl Genes、Mouse strains、Ensembl Variation、Ensembl Regulation(下拉框中的98是Ensembl的版本号，这里就不写了)。我们这次要找的是同源基因，选择第一个Ensembl Genes数据集就可以, 具体页面如下：

选择好第一个Dataset之后，在这个下拉框下面会再出现一个下拉框，这个下拉框是选择具体的物种，具体页面如下所示：

我们选择红框中圈出来的Human genes作为本次演示的物种，选择好之后，就会出现如下的页面：

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输入查找基因

接下来就是输入要查找的基因，这里我们随机选取了10个与乳腺癌相关的基因，基因列表如下所示：

然后是将基因列表输入到Filters里，具体操作是先点击左边的Filters，然后再点击右边的GENE, 之后勾选中Input external references ID list，最后在右边输入栏里输入基因ID，或者导入基因ID的文件。具体操作在页面上标注如下：

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选择要查找同源基因的物种

然后点击左边的Attributes属性，再点击右边的Homologues选项，会发现右边的页面会变成三个选项。具体步骤如下所示：

三个选项中第一个是GENE,这个选项是配置一些输入基因的属性；第二个是ORTHOLOGUES, 这个选项是配置选择物种在Ensembl数据库里其他物种中的直系同源基因的一些属性，第三个是PARALOGUES，这个选项就是配置选择物种的旁系同源基因的一些属性。然后我们先对输入基因的属性进行配置，这里我们只勾选中基因ID以及基因名字，具体页面如下所示：

之后我们对ORTHOLOGUES进行配置，这里为了简单就只勾选了前三个物种的基因ID，具体页面如下所示：

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结果导出

最后点击左边上方的Results，就会得到输入基因的直系同源基因结果，然后点击Go选项就可以对直系同源基因结果进行导出，具体页面如下所示：

导出结果如下所示：

这样我们就得到了这10个基因在其他3个物种里面的直系同源基因，可以看到只有BCAR1和BRMS1L这两个基因在其他三个物种里有同源基因。

结语

上面介绍的功能只是BioMart的一种，BioMart还有许多其他功能，以后再慢慢介绍。