circos 可视化手册-links 篇

highlights用于展示基因组上特定的区域的分布，通常情况下，还需要展示不同区域之间的关联，比如融合基因，CNV等信息，这样的信息就通过links 这个block 进行展示。

links 用于描述两个区间之间的关系，其用法和highlights类似， 示例如下

所有的link都包含在 links中，在links下定义的属性是全局的属性，每个link会继承全局属性， 也可以重新定义，覆盖掉全局的属性。

file参数定义了用于展示的数据信息，有两种定义方式

1. 一行定义一对

文件共有6列，使用空格分隔；每一行表示一对有联系的区域，前3列和后3列分别定义一个区域

2. 两行定义一对

区间的定义和第一种格式类似，都是染色体，起始和终止位置；唯一不同的是在第一列增加了links ID, links ID 是唯一的，每两行代表一对有联系的区域

links的基本展示形式如下：

通过一段曲线将两个区域连接起来，可以看到，所有曲线的最外围位于同一个圆上。

radius 定义最外围的圆的半径，控制links 区域的大小, 用法如下 radius = 0.4r; color 定义了连线的颜色, 用法如下 color = black;

thickness 定义了连线的粗细程度，用法如下 thickness = 1;

z 定义了link的优先级，当连线重叠时，优先级越高的越先显示;

在links中，外观上最需要调整的是曲线的弯曲程度,有3个参数控制曲线的弯曲程度：

1. bezier_radius
2. crest
3. bezier_radius_purity

曲线采用了贝塞尔曲线的方式来构造, bezier_radius 定义了贝塞尔曲线的控制点的位置， 不设置这个参数时，连线是一条直线， 示意图如下：

crest在bezier_radius的基础上新增了两个控制点，示意图如

bezier_radius_purity控制有效的bezier_radius，示意图如下

除了上述的曲线外，links还提供了ribbon的展示形式，用法如下

生成的效果图：

在ribbon的展示形式中，color 指定填充色，stroke_color指定边框的颜色，stroke_thickness 指定边框的粗细。

以上就是links的基本参数和使用方法。在links中还可以结合rules, 更加灵活的展示数据，在后续的文章中在详细介绍