EM：环境微生物领域一些实用网站

First published: 29 April 2019

本文是一篇指导性的短文，分享了很多资源。原文没有分类，这里分类简要介绍。

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文献

Ecosystem function and microbial diversity

https://www.frontiersin.org/research-topics/1786/linking-ecosystem-function-to-microbial-diversity

这个网站汇集了一些微生物结构及其功能的文章。目前有10篇，不是很全。

Scaling laws and microbial diversity

https://www.pnas.org/content/113/21/5970

这篇文献之前分享过，见

PNAS(2016)-尺度定律预测全球微生物多样性

Preserving microbial diversity

http://science.sciencemag.org/content/362/6410/33

这篇观点文章认为工业化改变了人类的饮食，从而改变了人类肠道微生物群所处的环境，进而改变了群落结构。

Microbial diversity in natural ecosystems

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4852739/

这是一篇综述，讨论了当前测序技术带来的影响，及像地球微生物组计划这样的项目对探索地球不同生态系统中的微生物多样性的影响。

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数据库

fusionDB: Microbial diversity and environmental data

https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D535/4588109

该数据库包含了1374种不同的细菌及其生态学和生理学的数据(生境/生态位，适宜温度和氧气利用)。

NCBI Taxonomy

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy

这个不用多说。

16S Refseq records:NCBI

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=33175%5BBioProject%5D+OR+33317%5BBioProject%5D

这个也不用多说。

BacDive database

https://bacdive.dsmz.de

微生物多样性的数据库，2012年推出，目前包括超过50000种细菌和古菌的分类、形态学、生理学、培养、起源和自然栖息地的信息。可由下面介绍的DSMZ进入。

Integrated microbial genomes and microbiomes

https://img.jgi.doe.gov

是支持美国能源部联合基因组研究所(JGI)而建立的数据库，包括微生物基因组和微生物组数据集的注释、分析和分布。可用于自己数据的注释和分析。

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网站

Microbial diversity: Then and now

https://learn.genetics.utah.edu/content/gsl/diversity/

网站提供有关微生物多样性及其与环境相关性研究的简短但有用的指南。

Earth microbiome project

http://www.earthmicrobiome.org

大名鼎鼎的地球微生物组计划。

DSMZ: Microbial diversity

https://www.dsmz.de/bacterial-diversity.html

该网站与多个网站连接，提供与微生物多样性、基因组、生理学和环境相关的信息。

World Federation of Culture Collections

http://gcm.wfcc.info

网站提供世界范围内菌株的培养信息。目前包括429105种菌株；53615个种；126种培养基。涵盖了47个国家和地区。

List of prokaryotic names

http://www.bacterio.net

该网站提供微生物菌株的分类学、分离条件和基本性质的信息。

List of biocatalysis/biodegradation organisms

http://eawag-bbd.ethz.ch/servlets/pageservlet?ptype=allmicros

网站包含生物降解活性为特征的细菌和真菌的信息，包括降解途径、基因和酶的信息。

Reference:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1462-2920.14625