这些数据库助力你的脂代谢研究！

代谢重编程是目前疾病研究比较火热的一个话题，代谢常常影响着多种疾病，以癌症为例，通过代谢通路研究，可以靶向寻找肿瘤细胞能量供应途径，从而抑制肿瘤细胞增殖，其中脂代谢可以称为疾病代谢机制研究中十分重要的一员。随着对脂质在细胞生物学，生理学和病理学中的多种生物学作用的更好的理解，脂质的研究已经发展成为越来越重要的研究领域。

今天为大家介绍几个十分好用的脂代谢在线分析数据库，不仅可以筛选、处理数据，还可以与生物信息分析相结合。希望能为正在进行数据分析的研究人员提供帮助，或者能为申请基金课题提供思路。

壹

LIPID MAPS

网址：http://www.lipidmaps.org/

LIPID MAPS数据库是美国国立研究院设立的一个门户网站，用于在系统生物学水平上进行脂质定量和重建脂质以及相关基因和蛋白质的检测。网站的关键组成部分是生物信息学基础设置，包括明确定义的脂质分类和用于分子种类和实验数据的最新数据库系统。是一个能够帮助脂质组学研究人员研究的友好工具。

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脂质结构数据库

LIPID MAPS包含30,000种脂质结构，包含LIPIDAT，Cyberlipids和其他公共数据库与生物有关的脂质数据，并且可以在线查看直至结构多种格式，例如GIF图像，Java applet和Chem Draw。除了结构外，LIPID MAPS还包含该分子的所有相关信息，例如通用名称和系统名称，同义词，分子式，精确质量，分类层次等等。

以其中的蛋白质组数据库LIPIDAT数据库为例，其包含来自人，鼠，酵母，大肠杆菌，果蝇等8,500多个基因和12,500多种蛋白质的数据。

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脂质组学分析的生物信息学工具

随着我们进入高通量脂质组学分析时代，脂类鉴定（主要通过MS分析），定量，数据处理和数据库，统计分析，途径分析/系统生物学建模以及用户友好的信息资源。

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在线脂质组绘图工具

LIPID MAPS联盟已开发并部署了一套结构绘图工具，可大大提高数据输入脂质结构数据库的效率并可以按照意愿添加结构。

LMSD结构可以使用ChemDraw手动绘制，也可以由LIPID MAPS联盟开发的结构绘制工具自动生成，该工具针对脂肪酰基，甘油脂，甘油磷脂，鞘脂和固醇中的各种子类。结构绘图工具本身是用Perl编程语言，可以通过命令行或基于Web的界面相对快速地生成大量结构。

贰

LipidIMMS Analyzer

网址：http://imms.zhulab.cn/LipidIMMS/

IM-MS在脂质组学方面显示出巨大的应用潜力。但是，IM-MS的脂质组学目前尚未有网站可以实现自动数据处理和能够自动进行脂质识别的可用工具。因此LipidIMMS Analyzer得以被创建用于模糊识别IM-MS中的脂质。它集成了多维信息，包括 m / z，保留时间（RT），碰撞截面（CCS）和 MS / MS光谱。

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LipidIMMS分析软件的主要特点

(1)提供具有四维结构信息的大型脂质数据库;

包含 4种脂类，25种脂类，267,716种脂类结构;

包含四个库:MS1库;RT库;CCS库;和MS/MS谱库;

(2)开发RT校准方法，支持LC-system独立应用;

(3)兼容安吉利特漂移管IM-MS和Waters tmi - ms技术;

(4)整合多维信息进行脂质鉴定。

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工作流程

(1)数据导入(一个MS1峰值表和/或MS/MS数据文件);

(2)选择和加载脂类数据库;

(3)进行RT校准(此步骤需要RT校准表);

(4)进行m/z、RT、CCS匹配;

(5) MS/MS谱匹配;

(6)计算综合得分;

(7)下载、浏览识别结果。

叁

PRIMe

网址：http://prime.psc.riken.jp/

PRIMe代谢组学平台，是致力于进行代谢组学和转录组学分析服务的网站。网站通过多维NMR光谱，GC / MS，LC / MS和CE / MS测量标准代谢物，除此之外，网站还提供用于代谢组学，转录组学和其他一系列“组学”数据综合分析的独特工具。

该网站还进行了拟南芥等模型植物以及实际使用的植物（例如农作物和药用植物）对基因表达和详尽的代谢产物分析进行全面分析。植物界中的代谢产物在化学上极为不同，据估计表明多达200,000种不同类型的化学物质。利用这些信息，我们研究了植物生理反应和生长过程中与代谢相关的功能，以确定新的有用的基因功能和网络。此外，网站着重于生物信息学分析，以整合代谢组，转录组和蛋白质组，目的是对植物进行系统分析。

PRIMe利用几种不同的质谱方法和先进的多维NMR技术相结合进行代谢组分析，涉及细胞中所有代谢物的鉴定和定量，并将其与基因组功能相关联。

肆

LipidBank

网址：http://lipidbank.jp/

LipidBank网站起源于1989年，是日本脂质生物化学会议（JCBL）建立的一个公开免费的天然脂质数据库。该数据库载入数据包含脂质名称，化学和物理特性，生物活性，代谢和遗传信息等。它还包含图形数据，例如结构式，UV（紫外线），IR（红外光谱），NMR（核磁共振），MS，LC和TLC（薄层色谱）。此外，还包括一些链接到PubMed的特定参考数据。

伍

MS DIAL

网址：http://prime.psc.riken.jp/

MS-DIAL是针对代谢组学研究的通用网站，它支持多种仪器（GC / MS，GC / MS / MS，LC / MS和LC / MS / MS）和MS供应商（Agilent，Bruker，LECO，Sciex， Shimadzu，Thermo和Waters）。诸如netCDF（AIA）和mzML之类的通用数据格式也可以在网站中进行处理。

MS DIAL的特点：

（1）能够对GC / MS和与数据无关的MS / MS的光谱去卷积，

（2）可以简化峰鉴定标准，

（3）支持从原始数据导入到统计分析的所有数据处理步骤，

以上就是今天为大家总结的超级实用的脂代谢数据库，这些网站各有特点，不仅能自动化分析处理原始数据，更能帮你进行脂质筛选与分类，支持多种仪器和供应商数据格式，帮助你分析化学和物理特性，生物活性，代谢和遗传信息等。这些网站不仅完全免费，而且也是个可以分析脂代谢外的其它“组学”数据综合分析的独特工具。结合网站中生物信息分析功能，可以为文章增添色彩，也是代谢研究课题设计与进行的必备工具，希望能给大家科研的路上带来帮助。