shell字符串单双引号的坑

入门生信时，我最接触的编程语言是python和R，最后才是shell。学习shell时，我也只是草草了事，没有仔细对比三种编程语言间的差别和特点，自认为很聪明的把python和R的相关基础知识直接迁移到了shell。最近踩到了坑，才让我意识到：基础不牢，缺乏思考，非常吃亏！

问题描述：

批量进行bwa比对，代码如下：

for i in {1..9}
do
bwa mem -t 2 -R '@RG\tID:W0${i}\tSM:W0${i}\tPL:illumina' \$ref ./$W0{i}_1.fq.gz ./$W0{i}_2.fq.gz | samtools sort -@ 2 -m 1G -o ./W0${i}.sort.bam -
done

运行非常成功！结果正常输出！然后我就愉快地去重并call variant，但是当我查看g.vcf文件时发现样本名为W0

{i}，我运行了一下命令

for i in `ls *.g.vcf`
do
grep -n -G 'W0${i}' ${i}
done

输出结果如下：

得，全是这么诡异符号。我又查看了每个bam文件的RG行没错，所有bam文件RG行的ID、SM都是W0${i}！！！

解决问题：

通过以上的探索，已经能确定是比对那一步'@RG\tID:W0{i}\tSM:W0{i}\tPL:illumina'该字符串中的变量没有被解释。

这就奇怪了，代码看着很正常呀，那么用echo命令测试一下：

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变量确实没有被解释！原因在哪呢？把单引号换成双引号试试：

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噢！原来是引号的问题

寻找原因

为什么会这样子呢？在shell中单引号和双引号括起来的字符串有什么不同吗？

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（截图来自 C语言中文网）

很明显，我犯的错误属于第一种情况：由单引号包围的字符串任何字符都会原样输出，在其中使用变量是无效的！。根据截图所言，推而广之：我们在命令行中使用的各种命令、运行的各种软件本质上都是字符串，只不过我们没有加上 单引号或双引号作为标识，属于 第三种情况。

这种规则让我们能够通过空格来区分命令中的选项和参数。同理，命令加上双引号或单引号它也应该能够正常运行：

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所以为了以后的万无一失，写shell脚本有变量替换的情况就用 ${变量名} 的格式。养成一个好的习惯是非常重要的....由于小小的字符串问题，我现在就需要把已经生成的bam文件的标签和g.vcf文件中的样本名都替换掉...如果不及时替换可以想象到在最后genotypegvcf时，我最后的得到的结果里会莫名其妙的少好几个样本变异信息。

所以Linux的shell命令学好 是非常有必要哦：

• 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》

大家一定要把Linux的6个阶段跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习：

• 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
• 第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余，查找，切割，替换，合并，补齐，熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。
• 第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！
• 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。
• 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
• 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。

写在文末

其实正常情况下初学者写的脚本应该是先echo看一眼，然后再运行，echo这个命令太重要了！