NCBI 上传测序数据

1、登录或注册用户

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

2、进入SRA

网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/

向下滚动，找到Sequence Read Archive (SRA)工具，点击Submit

2、新建提交

3、按要求填写信息

4、使用ascp

这里需要用到工具aspera，安装参考：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/107190684

ascp -i /mnt/h/work/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /mnt/h/work/ncbi_upload/raw/ subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/your_email_id

5、等待上传完成

6、确认是否上传完成

重复以上命令，ascp 会检测文件上传是否完整，如果上传完成，会直接 skipped

7、检测上传数据是否正确

需要理解的知识

• GenBank：一些组装好的序列，如基因组DNA，各种RNA
• Sequence Read Archive (SRA)：所有的raw data只能上传到这里
• TSA：Submit computationally assembled, transcribed RNA sequences after submitting unassembled reads to SRA.
• GEO：Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据，这里可以上传处理后的数据，如count和TPM，FPKM等
• BioProject & BioSample：这是NCBI的核心组织架构，一篇文章就是一个BioProject，一个project里可以包含多个BioSample