文献笔记七十八：植物小RNA的分析软件miRDeep-P2

涉及到两篇论文

A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants

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这个地方标注是 video Article 是怎么回事呢？

我到文章中提到的URL去看了看，发现，论文是对应着有视频介绍的

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但是注册了以后好像也只有12小时的试用时间，不知道是不是试用时间结束后需要收费

这个 jove journal of visualized experiments 大家有了解的吗？

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应该抽时间仔细看看这个网页

不看视频也可以论文中描述的也很详细了

第二篇论文是

miRDeep-P2: accurate and fast analysis of the microRNA transcriptome in plants

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对应的是软件发表的论文

软甲的下载链接

miRDP2 - Browse /latest_version at SourceForge.net

分别有

• 软件
• 测试数据
• 软件手册

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软件依赖 bowtie2 和 RNAfold 这两个软件 直接使用conda就可以安装，RNAfold对应的软件是 viennarna

开头提到的论文里的第六步已经走不通了

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需要换成软件手册里的命令

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还遇到一个问题是小RNA的测序数据应该如何准备成为软件的输入数据呢？

这一步做好以后接下来应该做什么分析呢？暂时还搞不明白，需要再看论文

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