使用LeDock进行批量分子对接
使用LeDock进行批量分子对接
备注
1. ledock需要联网使用，至少ledock的linux版本是，所以请保持网络通畅
2. 本教程需要有简单的linux基础，非win下直接可视化操作
官网：
http://www.lephar.com/software.htm
简介：
Ledock是苏黎世大学ZHAO Hongtao博士期间开发的一款跨平台(Win,Linux, Mac OS)分子对接软件，在速度和准确度上均呈现出强劲的优势。根据对Astex diversity set的测试，预测的最佳构象准确率能达到94.1%(Gold 86.5), 对Kinase100set的测试，其准确率达到97%。Ledock采用模拟退火-遗传算法交叉的算法进行构象搜索，对接打分涵盖范德华相互作用（vdw），静电相互作用（Coulombic interaction），氢键贡献（Hbond）以及分子间(inter-)和配体分子内(intra-)的冲突(clash)几项的和做为打分方程。
摘自--http://bioms.org/thread-1227-1-1.html
其可以用于多种用途
教程
1. 下载ledock软件
下载地址：http://www.lephar.com/download.htm
将ledock加入到环境变量中
vim ~/.bashrc输入以下文本：
# ledock
export PATH=$PATH:/Users/Software/ledock保存
2. 下载lepro用于处理蛋白
LePro:http://www.lephar.com/download.htm
将lepro加入到环境变量中，同上
3. 使用lepro处理蛋白
输入指令
lepro_mac 2BSM.pdb此时输出文件为pro.pdb蛋白，为处理好的受体蛋白
4. 处理配置文件
配置文件格式一般为
其文件名为dock.in
Receptor
pro.pdb
RMSD
1.0
Binding pocket
24.547 39.47
1.521 16.828
17.274 34.566
Number of binding poses
20
Ligands list
ligand_list.txt
END其基本解释为
Receptor受体文件信息RMSD1.0Binding pocketxmin xmax ymin ymax zmin zmaxNumber of binding poses20Ligands list配体列表文件END如果你熟悉vina，那么其binding box可以计算为
xmin = center_x – size_x/2
xmax = center_x + size_x/2
ymin = center_y – size_y/2
ymax = center_y + size_y/2
zmin = center_z – size_z/2
zmax = center_z + size_z/2配体列表文件
ligand_list.txt中的内容为
lig1.mol2
lig2.mol2
lig3.mol2
lig4.mol2这样你可以很方便的使用ledock进行批量对接，而不需要编写复杂的脚本
5. 运行
其运行也非常方便
直接输入指令
ledock dock.in6. 输出
ledock会输出一个lig.dok文件
当然，你可以直接打开
可以看到时间，打分，以及坐标信息
zerodesigner:2bsm/ $ head lig.dok
REMARK Docking time: 0.4 minREMARK Cluster 1 of Poses: 12 Score: -9.56 kcal/mol
ATOM 1 C22 LIG 0 35.161 6.509 21.561
ATOM 2 H221 LIG 0 35.281 7.572 21.345
ATOM 3 H222 LIG 0 35.964 5.981 21.048
ATOM 4 H223 LIG 0 34.215 6.152 21.149
ATOM 5 O21 LIG 0 35.249 6.255 22.965
ATOM 6 C18 LIG 0 34.241 6.830 23.734
ATOM 7 C19 LIG 0 32.889 6.919 23.324
ATOM 8 H19 LIG 0 32.550 6.542 22.3707. 处理
输入以下指令将lig.dok分割为可视化三维文件格式
ledock -spli lig.dok此时，输出文件为
lig_dock001.pdb
lig_dock002.pdb
lig_dock003.pdb
lig_dock004.pdb编号为1默认最优结构
8. 分析
我们这里只是简单的目测一下，暂时不进行详细的作用力分析
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