【在家玩AlphaFold】实践1：全球第二张预测Omicron棘突蛋白3D图像

最近在研究如何将Alphafold2 如何安装在家里的服务器上，在升级了硬件后终于成功了。正好赶上这个超级病毒出现，于是想小试一下看看在晶体结构被解出来之前，预测是什么样子。

根据南非官方（上图）给出的突变信息获得突变以后的蛋白序列，使用Alphafold2 预测得到蛋白三维结构。就是下面这个图片，Alphafold给出的预测精准度是：76.91%。图中所示结构蓝色是准确度较高的区域，红色是较低的区域。

新冠病毒棘突蛋白入侵宿主细胞的钥匙，它通过与宿主细胞膜上ACE2受体结合入侵细胞。而棘突蛋白的RBD区域是与ACE2结合的关键。下图中，黄色标记的是Omicron的RBD区域，红色标记的是突变氨基酸的位置。

这次突变的位置确实集中在RBD区域，从放大的图片看，突变多在棘突蛋白偏中心轴的位置，而抗体中和区域在另外一侧，这样的突变会增加传播率，而是否影响现有抗体或者疫苗的能力从位置来看推测影响并不大。但是否因为突变的氨基酸改变构象进而影响抗体结合，一方面需要电镜去解构，另一方面还需要实验室验证。

上面只是单体的结构，目前还在跑复合物结构，会在后续更新。

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Science, 369 (6510)

Nature,596(7873)

最近对结构生物学非常感兴趣，这个方向生来就是交叉学科，学科开创者是薛定谔，就是那个研究喵星人生死的量子力学专家。开始是物理跨界生物，后来计算机加入了，生命体内微观世界的样子展现出来，从结构到功能，才是真正的机制研究。

Alphafold 是世界上最准确预测结构的软件，没有之一。在我们没有千万元的经费去解结构之前，唯一个可触及原子世界真相的入口，而进入这个入口你只需要一台带有“24G显卡+4T硬盘”的服务器。感谢那些将代码开源的科学家，是他们打开了新世界的大门。