bioconvert计算测序覆盖度并使用R语言ggplot2画折线图进行可视化展示
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用户7010445
发布于 2021-08-31 17:45:58
发布于 2021-08-31 17:45:58
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参考基因组下载自NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596
下载原始测序数据
最近发现了两个新方法
- 一个是bioconvert可以直接下载
- 还有一个工具是 kingfisher 这个好强大 git主页链接 https://github.com/wwood/kingfisher-download
我试了一下这个kingfisher这个工具
kingfisher get -r ERR043367 -m ena-ascp prefetch aws-http
需要提前安装Aspera这个工具并添加到环境变量
把一个软件临时添加到环境变量可以使用如下命令
先使用cd命令进入软件的可执行文件的目录
接下来是export PATH=PWD:PATH
计算覆盖度
首选是参考基因组构建索引
bwa index Staphylococcus_aureus.fasta
比对
bwa mem -M -t 16 Staphylococcus_aureus.fasta ERR043371_1.fastq ERR043371_2.fastq > output.sam
sam文件转换为bam
samtools view -S output.sam -O bam -o output.bam
bam文件排序
samtools sort output.bam -@ 16 -O bam -o output.sorted.bam
计算覆盖度
bioconvert bam2cov output.sorted.bam output.cov
输出文件的部分
image.png
最后是折线图可视化
df<-read.delim("output.cov",header=F)
dim(df)
head(df)
library(ggplot2)
pdf(file = "cov.pdf",width=10,height = 4)
ggplot(data=df,aes(x=V2,y=V3))+
geom_line()+
scale_y_continuous(expand=c(0,0))
dev.off()
image.png
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原始发表：2021-08-06，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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