很久很久以前,我期望通过 插件模式 让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。 插件模式
开放到现在,也是一年有余,期间我还是做了一些工作:
终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools 的 R 插件本身是 R 脚本,而每一个
R 功能,几乎都会依赖于一些 R 包。用户在第一次使用时,需要等到脚本自动处理好依赖包下载。带来的问题就是.... 网络问题常常导致 R 包安装失败
安装失败,自然就用不了。这不是我们所期望,但确实我们的无奈。解决办法不是没有,只是稍显麻烦。我早前已经摸索出一些方式,但一直没时间整理。
这两日,看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin,多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想:让 TBtools
R Plugin 没有安装失败的可能。
于是,我还是花了一个中午的时间,开发出来了 R 插件安装助手这一插件。
如果是高速插件商店安装,那么需要重启一下 TBtools。安装完成后,从插件菜单打开该插件即可
比如我们要进行基因差异表达分析,使用这一插件(可以是安装前,也可以是安装后)
当你第一次使用失败时(当然你可以不管,直接去安装下面的 MetaPluginR),从报错信息常常很可能看得出来是否是 R
依赖包安装不全。如果是这样,那么就用 R Plugin Installation Helper。
首先需要下载对应的 Meta Package。
# 对于 Windows 用户,下载链接为
https://tbtools.cowtransfer.com/s/436dba652f434b
# 对于 MacOS 用户,下载链接为
https://tbtools.cowtransfer.com/s/64c985fce6e84f
可以下载到 DESeq2.Win64.MetaPluginR
直接进行安装即可
完成!
注意到,对于 Windows 用户,这个安装完成,那么 DESeq2
进行基因差异表达分析插件就绝对不存在安装问题了。如果还有问题,那么一定是输入文件格式问题。
对于输入文件格式,建议参考Demo Data
摁钮弹出的文件。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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