注意！NCBI数据库门水平物种分类名称将有变化

2021年上半年，国际原核生物分类学委员会(ICSP)投票通过了《国际原核生物命名法典》(ICNP)(2008年修订版)所涵盖的分类名称下的门的归类。门的归类以前广泛用于原核生物的命名，被NCBI分类法所收录，但在ICNP中未被正式承认。

目前，NCBI分类法中有167个细菌和39个古细菌的非正式名称被归入这个级别。NCBI分类法是对公共序列数据库中所有生物的分类和命名，目前这只代表了地球上已知生命的10%。

ICNP新调整的规则(规则8)要求所有正式的等级名称都要在指定类型属的名称的词干上加上后缀“-ota”。

基于此，NCBI分类法中几个长期使用的名称将相应地更改，如非常常用的厚壁菌门，变形菌门，放线菌门。拟杆菌门。

之前非正式的名称仍会保留。

链接：

https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/12/10/ncbi-taxonomy-prokaryote-phyla-added/

NCBI分类学数据库简介：

NCBI分类法始于1991年，是NCBI数据库检索系统Entrez的应用。

1995年，NCBI分类法在Sybase SQL Server中重新实现(随后迁移到Microsoft SQL Server)。

1996年，NCBI分类法Web浏览器(NCBI TaxBrowser)的第一个版本面世。同年，为了保持数据库之间的一致性，INSDC决定使用NCBI分类法作为分类学分类的唯一来源。

NCBI分类学数据库概况

NCBI数据库在~2020年已经收录超过46万个分类。这些物种几乎占所有被描述物种总数的四分之一。根据若干来源估计，总物种超过185万个。

此外，NCBI分类法中超过134万个分类节点没有被正式命名，其中大多数可以被称为“暗分类单元dark taxa”。对地球上物种总数的估计差异很大，但在任何情况下，NCBI数据库中登记的物种只是一小部分。

NCBI中不同类型物种个数

估计NCBI公共数据库中缺失正式物种名称的百分比

Reference：

Schoch CL, Ciufo S, Domrachev M, et al. NCBI Taxonomy: a comprehensive update on curation, resources and tools. Database (Oxford). 2020;2020:baaa062. doi:10.1093/database/baaa062

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7408187/