宏基因组reads筛选：去除宿主序列

gzip -d GRCh38_latest_genomic.fna.gz
bowtie2-build --threads 20 GRCh38_latest_genomic.fna human_genome

bowtie2 [options] -x <bt2-idx> { -1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <hit>]
<文件>：
-x <bt2-idx>
参考基因组（reference genome）通过bowtie2-build指令构建的Index文件
-1 <m1>
双末端测序中第一个fastq文件，可以写多个文库但是必须用逗号隔开，但文件m1与文件m2必须一一对应，测序文件中的Reads的长度可以不同。
-2 <m2>
双末端测序对应的第二个fastq文件，与文件m1对应
-U <r>
与前面的文件1，文件2为或的关系，此处的文件是非双末端比对文件。例如lane1.fq,lane2.fq,lane3.fq,lane4.fq。可以是多个文件，但是必须用逗号隔开。
-S <hit>
指定输出文件，后缀是sam的格式的文件，默认标准输出
[options]：
-q
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定）是FASTQ格式的文件，默认即FASTQ。
--qseq
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定）是QSEQ格式的文件。
-f
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定）是FASTA文件。
-r
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定），每行代表一个输入序列，没有任何其他信息（无read名称，无qualities）。
-c
后面直接是比对的reads序列（而不是文件），即reads序列在命令行上给出。
-s/--skip <int>
<int>中是数字，input的reads跳过前<int>个reads或read pairs
-u/--qupto <int>
比对前<int>个reads或read pairs，然后停止。
-5/--trim5 <int>
剪掉5'（左）端<int>长度的碱基，再用于比对（默认值0）
-3/--trim3 <int>
剪掉3'（右）端<int>长度的碱基，再用于比对（默认值0）
--phred33
输入的序列质量数据为Phred33体系（默认为phred33）
--phred64
输入的序列质量数据为Phred64体系
-p
程序运行所用核数

bowtie2 -p 20 -x human_genome -1 clean_1.fq -2 clean_2.fq -S meta.sam

samtools view -bS --threads 20 meta.sam > meta.bam

samtools sort meta.bam -o meta.reads.sorted.bam --threads 20

bamToBed -i meta.reads.sorted.bam > meta.reads.sorted.bed