宏基因组多样品的混合组装

nohup spades.py -o Spades --pe1-1 S1.clean_1.fq --pe2-1 S2.clean_1.fq --pe1-2 S1.clean_2.fq --pe2-2 S2.clean_2.fq -k 31,51,71,91,111 --meta -m 600 -t 20 &

conda install -c bioconda megahit

megahit [options] {-1 <pe1> -2 <pe2> | --12 <pe12> | -r <se>} [-o <out_dir>]
-1：双末端测序的第一端reads文件，为fasta/q格式，多样品文件之间逗号分隔，与参数-2一一对应
-2：双末端测序的第二端reads文件，为fasta/q格式，多样品文件之间逗号分隔，与参数-1一一对应
--12：混合的双末端reads文件，为fasta/q格式，多样品文件之间逗号分隔
-r/--read：单端测序的reads文件，为fasta/q格式，多样品文件之间逗号分隔
--k-list：组装的kmer size列表，支持多kmer组装，不同kmer size之间逗号分隔，可设置的范围15-255，相邻kmer size间隔必须小于或等于28，默认为21,29,39,59,79,99,119,141
--k-min：设置最小的kmer size，应小于255，必须为奇数，默认为21
--k-max：设置最大的kmer size，应小于255，必须为奇数，默认为141
--k-step：多kmer组装的kmer size间隔，应小于等于28必须为偶数，默认为12
-m/--memory：构建SdBG可以使用的最大内存，可设置0-1，也即占总内存的分数，默认为0.9
--mem-flag：构建SdBG时的内存使用模式0-最小、1适中，或者使用-m/--memory设置具体的内存，默认为1
-t/--num-cpu-threads：程序运行使用的核数
-o/--out-dir：输出结果路径，默认为./megahit_out
--out-prefix：输出结果文件的前缀，例如contig文件会是OUT_DIR/OUT_PREFIX.contigs.fa
--min-contig-len输出的最短contigs，默认为200
--keep-tmp-files：保存所有临时文件
--tmp-dir：临时文件路径set temp directory

nohup megahit -1 S1.clean_1.fq,S2.clean_1.fq -2 S1.clean_2.fq,S2.clean_2.fq --k-list 31,51,71,91,111 -o megahit_out --out-prefix mix_assembly -m 0.6 -t 20 &