批量运行多个R脚本

一个小技巧分享，假如有人写了很多绘图脚本，比如文献：《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular carcinoma patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC). 里面就有很多R代码 ：

代码文件很多

如果把这些R代码文件一个个打开，然后一个个运行，工作量也不小，所以我们推荐一个技巧：

fs=list.files('./',pattern = '*.R$')
fs
lapply(fs, function(x){
  print(x)
  source(x)
}) 

这个技巧有一个小问题，就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小bug，就会报错退出循环，假如总共是50个R代码文件但是第2个就报错，就会出现。

其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch，不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功，所以跳过那些运行失败的解决不了问题，反而应该是勇往直前解决问题。

学徒作业

下载我这里分享的GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC). ，然后批量运行成功为止。

需要基本生信背景知识

当然需要读者具备计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：

• 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》
• 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》

其中，R语言可能更重要一点，我把R的知识点路线图搞定，如下：

• 了解常量和变量概念
• 加减乘除等运算（计算器）
• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
• 文件读取和写出
• 简单统计可视化
• 无限量函数学习