❝好些年之前写过基因家族分析的文档,今年恰逢有朋友有这方面的需求于是小编重新整理了一下「基因家族分析的图表」,以往大家均是使用软件来进行基因家族的数据分析及可视化,随着小编代码水平的提高这次所展示的所有图表均由「ggplot2」及其扩展包组合完成,通过这种方式做的基因家族文章可以完全称得上生物信息,当然本教程的重点已经不再是基因家族分析了,而是深入的使用R语言来进行数据分析,关于「教程后续会出介绍内容,尽情期待」,下面来放部分结果给大家参考
❝基因家族类的文章主要以短平快为主,且不耗费经费实在物美价廉,但目前的基因家族文章基本与生信关联不大,主要依靠图形软件来进行完成,不利于学习者后期的深入发展;小编所展示的结果图均由R完成,基因家族分析主要包括
motif分析,pfam分析,基因结构分析,染色体定位,基因表达量分析,ka/ks,多物种进化树,多物种间共线性分析,单物种间共线性分析,顺势作用元件及qPCR
,上述内容可融合为10张图进行展示 ❞
这里使用了之前的一份经典热图来进行展示
❝此图若是做「人或小鼠」将更加富有潜力,若有观众老爷手里有合适的数据并对此图感兴趣,可以与我联系 ❞
由于手里没有合适的qPCR数据这里用了之前的一组图来进行替代,绘图原理是一致的
❝多物种间共线性分析,单物种间共线性分析;这部分等有空了再进行整理 ❞