互联网游荡杂志（第20期）-FDA认可的somatic突变数据库

• Date : [[2022-07-10_Sun]]
• 微信公众号 : 北野茶缸子
• Tags : #杂志

1、OncoKB™ - MSK's Precision Oncology Knowledge Base[1]

部分新闻报道如下：2021年10月7日，FDA批准将MSKCC的OncoKB部分数据库列为第一个被纳入公共人类遗传变异数据库的肿瘤突变数据库，这是FDA认可的第二个基因变异数据库，也是首个肿瘤体细胞突变数据库。

从官方截图来看，它确实是被fda认可了，但是否是唯二的那个呢？你知道第一个突变数据库是谁吗？

选中基因后，即可以查看该基因所有证据等级的相关变异，比如：ABL1 (oncokb.org)[2]

以及使用药物：

在文章Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer 中，也列出了变异的证据等级排序说明：

我们在研究外显子体细胞突变课题时，也可以这样结合多种临床数据库或是预测软件，以对variant 进行分类排名：

ps：许多数据库，annovar 软件基本都囊括其中了。

2、TreeSize Free | JAM Software (jam-software.com)[3]

一款树图显示硬盘用量的软件。

3、 一张不错的显示排名的图

来自：中国最适合避暑的城市排行，谁是第一 (qq.com)

4、Spatial Single-Cell Transcriptomics Toolbox • Giotto (rubd.github.io)[4]

空间转录组分析工具箱：

5、一张有点全的基因marker 图表

来源找不到了， 知道的可以后台告诉我哦。

6、一号会员店的牛腱子肉

会员价69 一份，肉质挺不错的：

7、Componentized Pipeline Framework (bioconductor.org)[5]

看起来很diao 的一个包，据说可以模块化的将脚本组织成pipeline：

8、好不简洁，但是我好喜欢

好看就完事了，来源懒得找了：

9、Peltoche/lsd: The next gen ls command (github.com)[6]

我已经让他alias 到ll 了：

10、9篇综述+研究，涵盖肝发育、生理和疾病 | 时空简讯18期 (qq.com)

肝脏，人体最大的实质性器官，也是最大的消化器官，功能十分强大和多元。它参与新陈代谢，生物转化、代谢合成，解毒，合成、分泌胆汁，造血及免疫功能等，还具有自我修复和再生功能，是维持生命活动的必不可少的重要器官。本期遴选了2篇综述、7篇研究文章，涵盖单细胞和空间转录组在肝脏发育、结构、再生、疾病等方面的研究应用，供参考。

夏天很适合吃卤牛肉啊：

参考资料

[1]

OncoKB™ - MSK's Precision Oncology Knowledge Base: https://www.oncokb.org/

[2]

ABL1 (oncokb.org): https://www.oncokb.org/gene/ABL1

[3]

TreeSize Free | JAM Software (jam-software.com): https://www.jam-software.com/treesize_free

[4]

Spatial Single-Cell Transcriptomics Toolbox • Giotto (rubd.github.io): https://rubd.github.io/Giotto_site/

[5]

Componentized Pipeline Framework (bioconductor.org): https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/pipeFrame/inst/doc/pipeFrame.html#35_Combine_into_Whole_Pipeline

[6]

Peltoche/lsd: The next gen ls command (github.com): https://github.com/Peltoche/lsd