如何安装GWAS软件包：GAPIT

邓飞

发布于 2022-12-13 17:22:14

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代码可运行

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飞哥推荐：

现在R语言的版本是R4.2.1，这里介绍一下安装最新版的GAPIT如何安装，以及如何运行示例数据，运行处结果。安装前建议，第一电脑用户名需要是英文的，如果是中文的建议新建一个英文的用户名再安装，第二安装最新版的R4.2.1以及Rtoools软件（这个软件单独安装不是R包）。后面我列举了常见的安装错误以及解决方案。

版本情况：

* windows11

* R4.2.1

> sessionInfo()
R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)

「太长不看版」

在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。

# 安装GAPIT软件做GWAS分析
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")
source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")

1. GAPIT官网

张志武老师实验室的网站：

http://www.zzlab.net/GAPIT/

GAPIT说明文档：http://www.zzlab.net/GAPIT/gapit_help_document.pdf

2. GAPIT安装

「错误的做法」

install.packages("GAPIT")

「报错：」

> install.packages("GAPIT")
Installing package into ‘C:/Users/dave/Documents/R/win-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘GAPIT’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

因为GAPIT不在CRAN上面，所以上面命令是错误的。

「正确的做法」

参考说明文档里的用法，在R中，运行下面命令：

source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")
source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")

就可以安装了。

「注意，这两条命令会下载安装一些包，默认安装就行。下面将解决一些常见的报错。」

3. 安装报错信息

3.1 Bioconductor 用BioManager

载入需要的程辑包：scatterplot3d
错误: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install
此外: Warning messages:
1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  不存在叫‘LDheatmap’这个名字的程辑包
2: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
 
 错误: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install

「解决方法：安装BioManager软件」

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

然后再运行命令即可成功：

source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")
source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")

3.2 LDheatmap包找不到

「解决方法：」

 install.packages("nloptr")
 install.packages("LDheatmap")

3.3 snpStats包安装错误

「解决方案：」

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("snpStats")

「运行成功，没有报错，说明安装成功！」

> source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")
载入需要的程辑包：ape
载入需要的程辑包：compiler
载入需要的程辑包：EMMREML
载入需要的程辑包：Matrix
载入需要的程辑包：scatterplot3d
> source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")

4. 测试GAPIT

# test GAPIT

#Import data from Zhiwu Zhang Lab
myY <- read.table("http://zzlab.net/GAPIT/data/mdp_traits.txt", head = TRUE)
myGD=read.table(file="http://zzlab.net/GAPIT/data/mdp_numeric.txt",head=T)
myGM=read.table(file="http://zzlab.net/GAPIT/data/mdp_SNP_information.txt",head=T)
source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")
source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")
#GWAS with five methods
myGAPIT_MLM <- GAPIT(
  Y=myY[,c(1,3)], #fist column is individual ID, the third columns is days to pollination
  GD=myGD,
  GM=myGM,
  PCA.total=3,
  model=c("GLM", "MLM", "CMLM", "FarmCPU", "Blink"),
  Multiple_analysis=TRUE)

经过一段时间的运行，结束后，我们可以在工作目录中查看运行的GWAS分析结果。

「运行日志：」