最近有学员使用我们的共享服务器,在里面安装好了conda之后,很简单的管理一个软件却遇到了报错,命令如下所示 :
conda install -y -c bioconda trim-galore
报错如下所示:
Downloading and Extracting Packages
fastqc-0.11.9 | 9.7 MB | ############################3 | 33%
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch/fastqc-0.11.9-hdfd78af_1.tar.bz2>
Elapsed: -
An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
学员非常肯定他是设置好了镜像:
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
而且也查看了他自己的 condarc :
$ cat ~/.condarc
channels:
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
show_channel_urls: true
管理员让他简单的修改了前面的命令, 就是删除 -c bioconda ,命令如下所示:
conda install -y trim-galore
就成功了,但是原理是什么呢?
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