生信星球学习小组-Day1学习笔记--编写Markdown格式的笔记

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illumina测序原理概述

illumina是当前最热门的二代测序公司，它的测序特点是使用具有叠氮基和荧光标记的dNTP边合成边测序。

由于dNTP上叠氮基的存在，每个测序循环只能延伸一个碱基，由于四种碱基所携带的荧光基团各不相同，因此分析每个循环读取到的荧光类型就可以得知对应的碱基类型，重复这个过程，就可以完成所有碱基序列就测定。

illumina测序的工作流程

建库->桥式PCR扩增成簇->测序

• 基本概念介绍：

flowcell(流动池)：illumina测序仪中实际进行的测序反应位于flowcell（流动池）中，一个flowcell有8条lane（通道），每个lane内表面大量共价结合了两种短序列，这两种短序列将会用于结合构建好的文库片段。

flowcell(流动池)

1.建库

使用超声波将DNA样品随机打碎成小片段，接着使用T4酶修补成平末端，再使用 klenow酶在3’末端加上一个特异的碱基A，最后为这些DNA片段添加特定的接头序列(adapter)。

接头序列一般包含三部分：

sequencing binding site（绿） index（红，黄） 与流动池中的短序列互补的序列（蓝，紫）

……

以上内容源自以下文章，后续步骤原理跳转学习即可。 生信菜鸟团-illumina测序的化学原理 知乎-illumina 测序原理介绍 知乎-二代测序原理（Illumina）