八、R包安装、加载、报错
原创八、R包安装、加载、报错
原创
（1）R包安装
按需索取，目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。
不需要安装所有的R包，需要哪一个，装哪一个。
来源和安装方式是对应的，从哪里来/怎么安装
（1）CRAN网站 install.packages()
（2）biocounductor. BiocManager::install()
（3）github devtools::install_github() ##需要加用户名称
安装的时候包的名字需要加引号。例如：install.packages("stringr")
安装后需要加载,加载的时候加不加引号都可以，
两个都是加载，load是加载数据，library是加载R包
library() #library是判断R包是否安装成功的唯一标准，
require()
一次安装，每次打开新的session（交互式会话）都要加载。
##已经安装的包，可以用 :: (双冒号)快速调用里面的函数，不需要加载。
BiocManager::install(). 相当于 library（BiocManager）
install()
rm(list = ls()) ###清除环境
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager", "tidyr" , "devtools")
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名
BiocManager::install(c("ALL","CLL","pasilla" ,"airway"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("limma","DEseq2","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))满分操作：
if(!require(stringr))install.packages("stringr")require()，library() 两个都是安装完R包之后的加载，但是library() 只是单纯的加载，而require()是特殊意义的加载，能够给出相应的反馈，反馈出来一个逻辑值。根据反馈出来的逻辑值判断是否安装成功。
require() 返回逻辑值是TRUE时，说明已经安装，而 !require() 返回的逻辑值就是FALSE，所以 if(FALSE) 就说明已经安装成功，后面的代码就会被跳过。
##例如常用的画图软件的安装和加载，可以运行如下程序
#设置镜像
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
#安装R包
if(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F)
if(!require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F)
if(!require(eoffice))install.packages("eoffice",update = F,ask = F)
if(!require(patchwork))install.packages("patchwork",update = F,ask = F)
#加载以检查是否安装成功
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(eoffice)
library(patchwork)（2）R包加载
library("FactoMineR")
library("factoextra")
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)（3）报错
加载的过程中没有error的提示信息就不用管， warning 啥也不是，关键词只有error。
1）package not available
可能原因1：包名写错
可能原因2:安装命令写错，install.packages和BioManager::install()都试一下
可能原因3：本机R语言版本与R包不符
可能原因4:包过时了
2）是否更新
3）加载A包，报错B包不存在
先安装B包，成功后再安装A包
4）依赖包的版本不够新
更新一个包：重新安装，或先删除再重新安装
更新所有的包：update.packages()
5)出现关键词：connection, internet, url, 404, http, download
网络问题。更换网络，设置镜像
6）not writable / permission denied
权限问题：管理员方式重新打开Rstudio,重新运行代码。
7）？？？？？ 中文用户名，需要修改环境变量。
补充：列出一个包里都有哪些函数或者数据
ls("package:stringr") #不能直接写 stringr ，必须写上package: ， 不能写成package=如果出错，可能是因为没有加载stringr这个包。
（4）解决问题的正确姿势
重启包括1.session的重启；2.Rstudio的重启；3.电脑的重启
#以上内容均来自在生信技能树的学习
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
腾讯云开发者
