BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated
BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated
生信技能树
发布于 2023-02-27 13:14:13
发布于 2023-02-27 13:14:13
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BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated; no internet connection
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前言1. 报错内容2. 解决方案3. 安装R包模板3.1 镜像设置3.2 下载方式设置3.3 安装R包4. 永久保存镜像设置后记
前言
最近因为需要安装ChIPseeker这个R包，需要使用BiocManager进行安装。过去使用BiocManager安装R包就是手到擒来，轻轻松松。但是最近好像知识更新的有点快了，装个R包居然遇到了很多困难。
这里简单记录下。
1. 报错内容
这次的报错主要是：
Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection? See #troubleshooting section in vignette
2. 解决方案
在安装前运行一句代码：
options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)
这个是设置了：让Bioconductor通过联网去验证版本。
然后再安装R包即可。
3. 安装R包模板
这里顺便记录下相关的代码。
3.1 镜像设置
# 镜像设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
3.2 下载方式设置
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")
3.3 安装R包
package=c("ggplot2", "BiocManager")
for (pkg in package) {
if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)){
install.packages(pkg)
}
}
options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=T)
bioc_package = c('ChIPQC','ChIPseeker','DiffBind','clusterProfiler','AnnotationDbi','TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene','org.Hs.eg.db')
for (pkg in bioc_package) {
if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)){
BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
}
}
4. 永久保存镜像设置
为了更方便的安装R包，不用每次都进行设置。R软件其实有一个配置文件，以我的电脑为例：
- R版本：4.2.1
- R的安装地址：
C:\Program Files\R\R-4.2.1
这样的话，其对应的配置文件地址就在：C:\Program Files\R\R-4.2.1\etc\Rprofile.site
我们用记事本打开这个文件，然后在文件最后添加以下代码：
## 设置镜像
local({r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
options(repos=r)}
)
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)
## 设置下载方式
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")
这样以后我们一旦打开R软件，这些代码就会自动运行一次，我们就可以愉快的安装R包了。
后记
后续有新需求再做补充~
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。
原始发表：2023-02-04，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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用户11301583
想请问一下，输入3.3的内容后，出现 “错误: 找不到对象'bioc_package'” 这种错误怎么办？
想请问一下，输入3.3的内容后，出现 “错误: 找不到对象'bioc_package'” 这种错误怎么办？
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