【论著】致敬李文亮！公开分析代码！人体细胞修改新冠病毒RNA的证据被找到

Silvestro G. Conticello教授及其团队3月3日发表在BioRxiv上的文章。文章发现了新冠状病毒RNA进入人体细胞以后被编辑的证据，虽然没有生化试验验证，但可以推测参与RNA编辑的APOBECs与ADARs参与到编辑新冠病毒RNA的过程。另外，作者公开了分析流程的代码。

Courtesy: National Institute of Allergy and Infectious Diseases,

Rocky Mountain Laboratories

什么是RNA编辑?

现在的理论体系认为，细胞按照DNA序列转录成RNA，按照RNA序列翻译成蛋白质，蛋白质发挥生物学作用。但人们对RNA和DNA进行测序后发现，一些RNA上的序列或者某个位点，按照碱基配对原则不能够与原来DNA匹配上，由于原来的DNA没有相应位点的变化。那么这个导致这个变化的过程很有可能是发生在RNA环节，一些蛋白比如ADARs能够改变RNA的序列，进而影响蛋白质的功能，以至于最后导致某些疾病的发生。

这篇文章发现了新冠状病毒进入人体后存在这一的编辑事件，但这样的事件是助纣为虐，还是共同抗敌，就不清楚了。总之，文章从另一纬度解释了新冠病毒可能的作用机制。

文章致谢了公开原始数据的研究者及团队

此外最重要的是文末致谢的吹哨人，李医生大家一定知道,另外一个是

03SARS的吹哨人——卡洛·乌尔巴尼，关于他的介绍引自百度百科(https://baike.baidu.com/item/卡洛·乌尔巴尼/668985?fromtitle=Carlo%20Urbani&fromid=11237668&fr=aladdin)：

RNA编辑分析代码

作者公开了整个分析的流程及代码

1、数据获取

prefetch -v SRR*** && fastq-dump --outdir /path_dir/ | --split- files /path_dir/SRR****.sra

2、比对

bwa mem NC_045512.2.fa SRR*_1.fastq SRR*_2.fastq | samtools sort –O BAM -o SRR*_.bam

3、寻找SNV

python2.7 reditools.py -f SRR*.bam -S -s 0 -os 4 -r NC_045512.2.fa -m omopolymeric_file.txt -c omopolymeric_file.txt -q 20 -bq 25 -o SRR*_output_table.txt

上面的流程中非常重要的软件是REDItools有关详细安装教程和参数请参考下面的链接：https://github.com/BioinfoUNIBA/REDItools

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