2019年是丰收的一年,作为回报,老板又额外发了个新笔记本电脑(thinkbook14 8G+512G)作为年终奖一部分(不要羡慕本君哟~站长注解:这是什么神仙老板,过年一定会多发红包的!)拿到电脑就迫不及待的参考果子老师前期的帖子将一系列生信所需的R包进行安装,然后在假期继续相关学习,然而安装过程中却遇到两个R包装不上的问题(原来没遇到过),困扰小编2天时间才解决,特此进行分享(大神略过~)。
首先上图,安装过程一直都是无脑点“是”,然而到“XML”包却提示安装不成功,尝试多次均是相同报错。

报错:安装失败,还有警告

此外,小编在安装RCurl包的时候也是遇到相同的问题,因此暗下决心必须攻克~
使用多种安装方法,包括 BiocManager::install("XML") install.packages("XML") pacman的p_load(XML) 以及本地安装,但是均不成功。
咨询果子老师,回答是尝试不编译,当时不理解什么意思,查询度娘也没找到解决方案。
后来又在小站VIP群咨询,树神建议改装C盘,重装C盘后,依然无果

再仔细研究右边的报错信息,发现有个句子‘compilation terminated’,翻译过来就是编译终止,而compilation一词在安装时出现过

如图所示,在这一步一般都会选择‘是’,以前没注意看,现在仔细进行翻译,即‘您是否要从源安装需要编译的软件包?’ 本次选择否,结果显示安装成功,验证了上边果子老师的建议。

同理,进行RCurl包安装,也顺利安装成功,见下图

安装成功后,与树神交流了下,说这个complication有时候点‘是’可以,有时候又不可以~,不过具体原因,本君还没探究,其他大神看到也可以讲解下。
到此,XML包和RCurl包均已安装成功,这个问题原来在其他电脑上没遇到过,在新电脑上首次遇到,但是这两个包却很重要,绕不过去,他们是R语言爬虫相关的两大利器,也是许多包的依赖包,如RTCGA、TCGAbiolinks等。既然遇到就要解决,并且将之分享,供许多像小编一样的R初学者参考,减少填坑时间。