slurm--大型集群管理指南

大型集群管理指南

这份文件包含了Slurm管理员的信息，专门针对包含1024个节点以上的集群。目前由Slurm管理的大型系统包括天河二号（位于中国国防科技大学，拥有16000个计算节点和310万个内核）和Sequoia（位于劳伦斯-利弗莫尔国家实验室的IBM Bluegene/Q，拥有98304个计算节点和160万个内核）。Slurm在更大数量级的系统上的运行已经通过仿真验证。在这种规模下获得最佳性能确实需要一些调整，本文件应该有助于让你有一个好的开始。对Slurm的工作知识应该被认为是本资料的先决条件。

性能表现

以下时间是执行MPI程序打印 "Hello world "并退出的时间，包括处理输出的时间。由于硬件、软件和配置的不同，你的性能可能会有所不同。

• BlueGene/Q的122,880个计算节点上的1,966,080个任务：322秒
• 一个Linux集群的15,000个计算节点上的30,000个任务。30秒

系统配置

必须设置三个系统配置参数，以支持大量打开的文件和有大量突发信息的TCP连接。可以使用/etc/rc.d/rc.local或/etc/sysctl.conf脚本进行更改，以便在重启后保留更改。在这两种情况下，你都可以直接将数值写入这些文件（例如，"echo 32832 > /proc/sys/fs/file-max"）。

• /proc/sys/fs/file-max：同时打开的文件的最大数量。我们推荐的限制是至少32832个。
• /proc/sys/net/ipv4/tcp_max_syn_backlog：被记住的连接请求的最大数量，这些请求仍然没有收到来自连接客户端的确认。对于内存超过128Mb的系统，默认值为1024，对于低内存机器，默认值为128。如果服务器出现过载，可以尝试增加这个数字。
• /proc/sys/net/core/somaxconn: socket listen()积压的极限，在用户空间称为SOMAXCONN。默认值为128。这个值应该被大幅提高，以支持请求的爆发。例如，为了支持1024个请求的爆发，将somaxconn设置为1024。

发送队列长度（txqueuelen）可能也需要用ifconfig命令来修改。对于一个拥有非常大的集群的站点来说，4096的值被发现是很好的（例如，"ifconfig txqueuelen 4096"）。

线程/进程限制

在SLES 12 SP2中，有一个新引入的限制（用于Cray系统的CLE 6.0UP04，将于2017年中发布）。随SLES 12 SP2一起发行的systemd版本包含对PIDs cgroup控制器的支持。在新的systemd版本下，每个init脚本或systemd服务默认限制为512个线程/进程。这可能会给大型集群或作业吞吐率较高的系统中的slurmctld和slurmd守护进程带来问题。要增加默认值以外的限制。

• 如果使用systemd服务文件。在 [Service] 部分添加 TasksMax=N。N可以是一个特定的数字，也可以是特殊值无穷大。
• 如果使用init脚本。创建文件/etc/systemd/system/.service.d/override.conf的内容。

[Service]
TasksMax=N

注意：早期版本的systemd不支持PIDs cgroup控制器，因此忽略了TasksMax的设置。

用户限制

对slurmctld守护进程有效的ulimit值应该对内存大小、打开的文件数和堆栈大小设置得相当高。

节点选择插件(SelectType)

虽然在一个节点内分配单个处理器对于较小的集群来说是很好的，但是在每个节点内跟踪单个处理器和内存的开销会增加很大的开销。为了获得最佳的可扩展性，使用select/linear来分配整个节点，避免select/cons_res。

作业会计收集插件（JobAcctGatherType)

作业核算依赖于每个计算节点上的slurmstepd守护程序定期采样数据。这种数据收集会占用应用程序的计算周期，从而引起所谓的系统噪音。对于大型并行应用来说，这种系统噪音会影响到应用的可扩展性。为了获得最佳的应用性能，最好禁用作业会计（jobacct_gather/none）。考虑使用作业完成记录（JobCompType）进行核算，因为这需要的开销要少得多。如果需要作业核算，将采样间隔配置成相对较大的尺寸（例如JobAcctGatherFrequency=300）。可能需要进行一些实验来处理数据传输中的碰撞问题。

节点配置

虽然Slurm可以跟踪每个计算节点上实际发现的内存和磁盘空间的数量，并将其用于调度目的，但这需要额外的开销。通过使用可用的参数（RealMemory、CPU和TmpDisk）指定预期配置来优化性能。如果发现节点包含的资源比配置的少，它将被标记为 "下降 "而不被使用。虽然Slurm可以很容易地处理一个异构的集群，但使用slurm.conf中最少的行数来配置节点，既可以使管理更容易，也可以使性能更好。

计时器

EioTimeout配置参数控制当用户应用程序终止时，srun命令将等待多长时间来关闭用于在用户应用程序和srun之间传递数据的TCP/IP连接。默认值是60秒。较大的系统和/或较慢的网络可能需要一个较高的值。

如果预计作业的吞吐量很高（即大量作业的执行时间很短），那么将MinJobAge配置为对你的环境实用的最小的间隔时间。MinJobAge指定了Slurm的控制守护程序在清除前保留已终止作业的最小秒数。在这个时间之后，关于终止作业的信息只能通过会计记录获得。

配置参数SlurmdTimeout决定了slurmctld与slurmd进行常规通信的间隔时间。通信发生在SlurmdTimeout值的一半。这样做的目的是为了确定一个计算节点何时发生故障，从而不应该被分配工作。较长的时间间隔可以减少计算节点上的系统噪音（我们确实在整个集群中同步这些请求，但对应用程序会有一些影响）。对于真正的大型集群，SlurmdTimeout值为120秒或更多是合理的。

如果使用MPICH-2，srun命令将管理用于启动应用程序的密钥对。取决于处理器的速度和结构，密钥对信息的通信可能需要额外的时间。这可以通过在执行srun启动任务之前设置一个环境变量PMI_TIME来完成。PMI_TIME的默认值是500，这是分配给传输每个密钥对的微秒数量。我们用PMI_TIME=4000的值执行了多达16000个任务。

计算节点上的各个slurmd守护进程只有在启动时或作业的尾声完成时才会向slurmctld守护进程发起消息。当一个分配了大量节点的作业完成后，会导致这些节点上的slurmd守护进程同时向slurmctld守护进程发送非常多的消息。为了将这种消息流量分散到不同的时间，避免消息丢失，可以使用EpilogMsgTime参数。注意，即使消息丢失，也会被重新传送，但这将导致重新分配资源给新作业的延迟。

其他

Slurm在slurmd守护进程之间使用分层通信，以增加并行性和提高性能。TreeWidth配置参数控制消息的扇出。默认值是50，这意味着每个slurmd守护进程可以与其他50个slurmd守护进程进行通信，并且可以通过两个消息跳来联系超过2500个节点。默认值对大多数集群来说是很好的。如果将TreeWidth设置为集群中节点数的平方根，对于不超过2500个节点的系统来说，通常可以达到最佳的系统性能，对于更大的系统来说，则是立方根。

srun命令会自动将其打开文件的限制增加到硬限制，以便处理所有启动任务的标准输入和输出连接。建议你将整个集群的开放文件硬限制设置为8192。