跟萌老师学Linux的第四天

Linux软件安装

Conda的安装与使用

conda、miniconda（推荐） 和 anaconda

下载

通常服务器在国内的选择清华或者北外（搜conda清华）

打开之后往下翻，找到miniconda的下载地址：

在长长的列表里，往下翻（或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest）找到：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键，复制链接地址用wget -c进行下载

无脑方式：

• 国内镜像地址： wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 官网地址： wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh1.运行miniconda的安装脚本

bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

重新激活环境

source  ~/.bashrc 
或者. ~/.bashrc

能够用conda -h输出conda的帮助文档就说明安装成功啦！

conda频道

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

1. 找到需要添加的频道
2. 鼠标移动到文字上， 当光标变成手指形状时，点击右键
3. 在右键菜单栏里选择“复制链接地址”
4. 用下述命令添加conda的频道 conda config --add channels bioconda(但是不建议运行这一条，仅作为例子)

查看配置镜像结果： 配置镜像完成后会在 ~/.condarc 文件中写入

以下内容

此处可以考虑手动删除掉defaults这个频道，因为它是官方频道，有的时候连接起来会很慢。

• sed -i ‘/defaults/d’ ~/.condarc

创建独立小环境

给新人的建议：不要往base环境里安装任何软件包

“蛇”(anaconda)就应该关在“笼子”(小环境)里

conda create -n rna
创建名为rna的conda小环境
-n： 指定环境名称

conda activate rna
启动rna这个conda小环境

conda deactivate
退出rna这个conda小环境

conda env list
或
conda info --env
列出已存在的小环境

创建环境:
conda create -n rna
创建环境时可以预先指定环境的依赖版本:
conda create -n py2 python=2.7

创建成功最后会出现 3 个 done

删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rna --all

如何重命名一个小环境呢？
先克隆一个新的，再删除掉旧的
conda create -n Python2 
conda create -n py2 --clone Python2
conda remove -n Python2 --all

安装软件

哪些软件可以用conda安装呢？

方法1： 网站查询

https://anaconda.org/search

https://bioconda.github.io/

方法2： 关键词搜索

方法3：conda search xxx（最方便）

conda install <SOFTWARE>

conda可以一次安装多个软件，但是容易遇到报错

问题1：如何指定安装的软件的版本？在不指定版本的情况下，

conda 默认安装该软件的最新版。

如果要安装旧版本：

1. 先看看有哪些可以安装的版本 conda search fastqc
2. 安装指定版本的软件 conda install fastqc=0.11.7 添加-y参数跳过确认步骤 conda install -y fastqc=0.11.7 在实战中经常被问到： 学员: 萌老师!我安装了这个软件包但是调用不了是怎么回事？ 萌老师:因为安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的！ 三个特殊情况: trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools查看conda环境中已安装的软件基本用法： conda list 查看当前环境所安装的软件 扩展用法：

1.查看符合正则表达式的软件
conda list fast*
2.查看指定的环境的软件
conda list -n rna

删除软件

conda remove fastqc

想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？

conda remove -n rna fastqc

不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作

同样，-y能够跳过确认执行的步骤

conda的常用命令

用mamba让软件安装丝般顺滑

https://github.com/mamba-org/mamba

mamba并没有完全重新把conda重新写一遍，而是加速了其中的一些限速步骤

1. 对conda install进行改造，使其可以并行下载
2. 增加了一些新功能安装mambaconda install mamba 除启动环境外（conda activate rna） 所有conda的命令都可以用mamba来代替 搜索软件 • mamba search fastqc • mamba repoquery search fastqc 这个更快 安装软件 mamba install fastqc mamba可以多线程地安装软件