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社区首页 >专栏 >Linux-基础

Linux-基础

原创
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用户10412487
修改于 2023-03-28 21:49:25
修改于 2023-03-28 21:49:25
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文章被收录于专栏：生信技能树-R生信技能树-R

linux基础

ssh负责把命令传输到服务器上

SFTP负责把文件传输到服务器上

服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是Linux系统。处理大型数据时就需要配置较高的服务器，比如生物信息学中的NGS组学测序数据上游处理就需要服务器。通常我们使用服务器是命令行远程访问而不是桌面操作。 Linux服务器的优点在于允许多用户同时访问。

细节操作

·修改Termius 选中复制 右键粘贴

·输入exit退出termius （快捷键controlcontrol+D） 按上键重新登陆

文件夹的管理或者路径有关的符号

· . 当前目录

·..上一级目录

·～家目录：每个用户的家目录都不同

·/ 只有当/在路径的最前面时才是根目录，其他位置的/都是目录层级分隔符

Linux 命令格式:命令+参数+文件

command -option parameter 中间通过空格隔开

·command是命令名，相应功能的单词或缩写

·[]代表有时候可以省略

·- option：选项，用来对命令进行控制，也可以省略

两种格式：-h，--help

·parameter：传给命令的参数，可以是零个、一个或者多个

·FILE：要处理的文件 #举例看图1

图1
图1

文件夹与文件夹管理命令

·pwd ls cd mkdir touch mv rm cp tar ln #看图2

图2
图2

pwd 操作看图3

图3
图3

ls 具体看图4,5 ll -thr (具体信息 常用)

图4
图4
图5
图5

*匹配任意多个字符（0～正无穷）

？匹配任何单个字符

代码语言：txt
复制
Mar402 13:10:27 ~
$ ls *.txt
readme.txt
Mar402 13:10:50 ~
$ ls ??????.txt
readme.txt

文件属性 ll -h (图6)

图6
图6

文件权限 （图7）

图7
图7

cd 具体看图8

图8
图8

绝对路径相对路径

·绝对路径：从根目录开始引起的全路径

·相对路径：相对于当前工作目录的路径

创建文件夹 图9

图9
图9
代码语言：txt
复制
Mar402 13:24:33 /home/t_linux
$ cd ~
Mar402 13:26:18 ~ 
$ ls
Data  Data.tar.gz  readme.txt
Mar402 13:26:19 ~
$ mkdir test     #创建一个名为test的文件夹
Mar402 13:27:13 ~
$ ls
Data  Data.tar.gz  readme.txt  test
Mar402 13:27:28 ~
$ mkdir -p test1/test2  #创建一个名为test1的文件夹，里面包含test2
Mar402 13:28:05 ~
$ tree            #用tree查看
.
├── Data
│   ├── example.fa
│   ├── example.fq
│   ├── example_gene.gtf
│   ├── example.gtf
│   ├── Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz
│   ├── md5.txt
│   ├── readme.txt
│   ├── reads.1.fq.gz
│   └── reads.2.fq.gz
├── Data.tar.gz
├── readme.txt
├── test
└── test1
    └── test2

4 directories, 11 files

创建新文件 touch

代码语言：txt
复制
Mar402 13:28:07 ~
$ touch file
Mar402 13:32:40 ~
$ tree
.
├── Data
│   ├── example.fa
│   ├── example.fq
│   ├── example_gene.gtf
│   ├── example.gtf
│   ├── Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz
│   ├── md5.txt
│   ├── readme.txt
│   ├── reads.1.fq.gz
│   └── reads.2.fq.gz
├── Data.tar.gz
├── file
├── readme.txt
├── test
└── test1
    └── test2

4 directories, 12 files

文件的移动和重命名 看图10 图11

图10
图10
图11
图11

文件删除 图12

图12
图12
代码语言：txt
复制
Mar402 14:15:15 ~
$ ls
Data  Data.tar.gz  readme.txt  test  test1  test2
Mar402 14:24:29 ~
$ rm Data.tar.gz  #删文件/压缩包是 rm
Mar402 14:24:41 ~
$ ls
Data  readme.txt  test  test1  test2
Mar402 14:24:43 ~
$ rm -r test1      #删文件夹+ -r
Mar402 14:25:09 ~
$ ls
Data  readme.txt  test  test2
Mar402 14:25:10 ~
$ rm -r test2 
Mar402 14:26:04 ~ #打开test文件 看里面的文件 再问你删不删
$ rm -i -r test 
rm: remove directory 'test'? y
Mar402 14:26:48 ~
$ ls
Data  readme.txt

文件的复制粘贴 cp

代码语言：txt
复制
Mar402 14:31:58 ~
$ ls
Data  readme.txt  test1
Mar402 14:31:59 ~
$ cp readme.txt  test1 #复制readme.txt到 test1中
Mar402 14:32:14 ~
$ ls test1/   #打开test1 有readme.txt这个文件
readme.txt
Mar402 14:32:19 ~
$ cp readme.txt  test1/read #复制readme.txt到 test1中并重命名为read
Mar402 14:32:47 ~
$ ls test1/
read  readme.txt #test1中存在read这个文件，内容和readme.txt是一样的
Mar402 14:33:17 ~
$ tree
.
├── Data
│   ├── example.fa
│   ├── example.fq
│   ├── example_gene.gtf
│   ├── example.gtf
│   ├── Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz
│   ├── md5.txt
│   ├── readme.txt
│   ├── reads.1.fq.gz
│   └── reads.2.fq.gz
├── readme.txt
└── test1
    ├── read
    └── readme.txt

2 directories, 12 files

ln:link 链接，分软连接（常用）和硬连接（默认）图13

图13
图13

文件的压缩或者解压缩 图14

tar -zxvf 加文件 解压

tar -zxcf 加文件 压缩

图14
图14
代码语言：txt
复制
Mar402 15:11:46 ~/mydir
$ ls
Data.tar.gz
Mar402 15:11:49 ~/mydir
$ tar  -zxvf  Data.tar.gz #解压
Data/
Data/reads.1.fq.gz
Data/example_gene.gtf
Data/example.fq
Data/example.fa
Data/reads.2.fq.gz
Data/example.gtf
Data/readme.txt
Data/md5.txt
Data/Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz
Mar402 15:11:54 ~/mydir
$ tar -zcvf test.tar.gz   #压缩
tar: Cowardly refusing to create an empty archive #当前所在目录是mydir 里面没有文件，所以不行
Try 'tar --help' or 'tar --usage' for more information.
Mar402 15:16:04 ~/mydir #回到上一级目录
$ cd ../
Mar402 15:16:10 ~
$ pwd
/trainee/Mar402
Mar402 15:16:14 ~
$ ls
Data  mydir  readme.txt  samtools-1.14.tar.bz2  test1 #这一级目录有这么多文件
Mar402 15:17:00 ~
$ tar -zcvf test.tar.gz  #按Tab键 显示有一下这些文件，复制粘贴 进行压缩
.bash_history          Data/                  .profile               test1/
.bashrc                .gnupg/                readme.txt             
.cache/                mydir/                 samtools-1.14.tar.bz2  
$ tar -zcvf test.tar.gz test1/ samtools-1.14.tar.bz2 readme.txt 
test1/
test1/readme.txt
test1/read
samtools-1.14.tar.bz2
readme.txt
Mar402 15:20:09 ~
$ ls      #已经压缩完成
Data  mydir  readme.txt  samtools-1.14.tar.bz2  test1  test.tar.gz
Mar402 15:20:48 ~
$ ll -thr   #查看该目录下具体信息
total 56K
drwxrwxr-x   2 Mar402 Mar402  4.0K Oct 25  2021 Data/
-rw-r--r--   1 Mar402 root     207 Mar 20 14:31 readme.txt
-rw-r--r--   1 Mar402 root     807 Mar 20 14:31 .profile
drwx------   3 Mar402 Mar402  4.0K Mar 20 19:51 .gnupg/
drwx------   2 Mar402 Mar402  4.0K Mar 20 19:51 .cache/
-rw-r--r--   1 Mar402 root    3.3K Mar 20 20:53 .bashrc
drwxrwxr-x   2 Mar402 Mar402  4.0K Mar 25 14:32 test1/
lrwxrwxrwx   1 Mar402 Mar402    35 Mar 25 14:50 samtools-1.14.tar.bz2 -> /home/t_linux/samtools-1.14.tar.bz2
drwxrwxr-x   3 Mar402 Mar402  4.0K Mar 25 15:11 mydir/
drwxr-xr-x   7 Mar402 trainee 4.0K Mar 25 15:19 ./
-rw-rw-r--   1 Mar402 Mar402   430 Mar 25 15:20 test.tar.gz
drwxr-xr-x 173 root   root     12K Mar 25 15:20 ../
-rw-------   1 Mar402 Mar402  3.8K Mar 25 15:20 .bash_history

其他压缩和解压命令 图15

zip 和 unzip：用于压缩和解压缩 *zip文件

gzip 和 gunzip：用于压缩和解压缩 *gz文件

bzip2 和 bunzip2：用于压缩和解压缩 *bz2文件

图15
图15

打包和压缩的区别 先打包后压缩

通用的解压命令 tar -xf +文件

打包：（tar）指将一大堆文件或目录变成一个总的文件

压缩：将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件

命令总结 图16

图16
图16

常用的Linux快捷键 图17

图17
图17

linux 命令手册 http://linux.51yip.com/

Linux书籍 https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/

文件查看 cat

代码语言：txt
复制
Mar402 10:52:03 ~
$ ls
Da  Data  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  mydir  readme.txt
Mar402 11:04:22 ~
$ cat readme.txt  #打印出所有内容，注意文件的大小
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(http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.html)

Mar402 11:04:30 ~
$ cat -A readme.txt  #打印出所有内容包括符号 在文件/行的末尾会有$
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$
Mar402 11:08:56 ~
$ cat -n readme.txt #标记文件有多少行
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     6
Mar402 11:09:08 ~
$ cat -b readme.txt #标记文件有多少行，不含空行
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Mar402 11:09:16 ~
$ ls
Da  Data  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  mydir  readme.txt
Mar402 11:11:27 ~
$ cat > file #在file这个文件中输入了内容，>是重定向，所有打印到屏幕上的内容都叫做打印到标准输出流里，用>将内容输入到文件中，就是更改了输出流。输错了没有办法更改
1
2
3
^C
Mar402 11:11:38 ~
$ cat file #查看file这个文件
1
2
3
Mar402 11:11:45 ~
$ ls
Da  Data  file  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  mydir  readme.txt  #这个文件file就存在于当前目录下了

zcat:可以查看压缩的文本文件 tac:逆向查看

代码语言：txt
复制
Mar402 12:13:45 ~
$ zcat Data/reads.1.fq.gz

head/tail -n :查看文件的前/后n行，默认10行

代码语言：txt
复制
Mar402 12:22:15 ~
$ head Data/example.fa
>gi|556503834|ref|NC_000913.3| Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA
TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC
ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG
CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA
GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC
AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG
AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT
GACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTT
Mar402 12:22:46 ~
$ head -2 Data/example.fa #看前两行
>gi|556503834|ref|NC_000913.3| Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
Mar402 12:23:02 ~
$ head -1 Data/example.fa #看第一行
>gi|556503834|ref|NC_000913.3| Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome
Mar402 12:23:08 ~
$ head -1 Data/example.fa | rev # 这一行倒过来
emoneg etelpmoc ,5561GM .rtsbus 21-K .rts iloc aihcirehcsE |3.319000_CN|fer|438305655|ig>
# more 逐页查看 #空格键-翻页；回车-下一行
$ more Data/example.fq
# less 查看文件 具体看图18

一般用 less -NS （单行显示）；在最后写/+关键词 ->可查找关键词（n往下看，N往上看，G跳转到末尾，gg跳转到开头）看图19

图18
图18
图19
图19

文本统计 wc

·wc -l 统计行数

·wc -w 统计字符串

·wc -c 统计字节数

代码语言：txt
复制
$ wc -l Data/example.fq Data/example.fa Data/example.gtf #这样可以用wc-l来统计多个文件的 行数
   4000 Data/example.fq
  64995 Data/example.fa
    237 Data/example.gtf
  69232 total

文本切割 cut

cut -d 指定分隔符切割，默认\t 还可以指定字母、数字或字符为分隔符 #图22

cut -f 输出哪几列 #看图20、21

图20
图20
图21 cut提取出来的不同列不可以更改列的顺序
图21 cut提取出来的不同列不可以更改列的顺序
图22
图22

sort排序 看图23 24

图23 -k是指定哪一个区域
图23 -k是指定哪一个区域
图24
图24
代码语言：txt
复制
$ cat Data/example.gtf | sort -k 4 -n | column -t | less -SN  #排列规矩对比图24 看图25
图25
图25

uniq: 去除重复行，只能去除相邻的重复行！需要和sort连用

uniq -c：统计每个字符串连续出现的行数 (图26)

图26
图26

paste 文本合并

·paste -d 指定分隔符合并

·paste -s 按行合并

代码语言：txt
复制
Mar402 15:53:58 ~
$ cat file #文件file
1
2
3
sjdiaf
Mar402 15:54:03 ~
$ cat > file2 #新建文件file2
asdfg
edcvfr
ikmnju
^C
Mar402 15:54:29 ~
$ cat file file2 #纵合并file file2
1
2
3
sjdiaf
asdfg
edcvfr
ikmnju
Mar402 15:54:54 ~
$ cat file file2 > file3 #综合并的file file2 为file3
Mar402 15:55:07 ~
$ cat file3
1
2
3
sjdiaf
asdfg
edcvfr
ikmnju
Mar402 15:55:20 ~ 
$ paste file file2 #paste 横向合并file file2
1       asdfg
2       edcvfr
3       ikmnju
sjdiaf
Mar402 16:51:31 ~
$ paste -s file file2 #paste -s 列变行
1       2       3       sjdiaf
asdfg   edcvfr  ikmnju
# past 用法2 
Mar402 15:55:54 ~
$ seq 20 #seq 用1排到20
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
Mar402 16:00:51 ~
$ seq 20 | paste - - - - #paste建立成矩阵
1       2       3       4
5       6       7       8
9       10      11      12
13      14      15      16
17      18      19      20

tr:字符替换

·tr '<pre>' '<dest>'

·tr -d:删除指定字符

·tr -s:缩减连续重复字符

代码语言：txt
复制
Mar402 16:01:03 ~
$ cat readme.txt | tr '[a-z]' '[A-Z]' #小写a-z替换为大写
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Mar402 16:20:59 ~
$ cat readme.txt | tr 'a' 'A' #把a图换成A
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代码语言：txt
复制
Mar402 16:26:35 ~
$ cat readme.txt  | tr ' ' '\t' #把空格转换为tab(\t)键
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Mar402 16:27:22 ~
$ cat readme.txt  | tr ' ' '\t' | cat -A  #cat -A可以用于查看tab键的存在^
Welcome^Ito^IBiotrainee()^I!$
This^Iis^Iyour^Ipersonal^Iaccount^Iin^Iour^ICloud.$
Have^Ia^Ifun^Iwith^Iit.$
Please^Ifeel^Ifree^Ito^Icontact^Iwith^Ime(^Iemail^Ito^Ijmzeng1314@163.com^I)$
(http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.html)$
$
Mar402 16:27:28 ~
$ cat readme.txt | cat -A 
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$
Mar402 16:28:03 ~
$ cat readme.txt | tr -d ' ' #删除空格
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Mar402 16:29:04 ~
$ cat readme.txt | tr -d '\n'
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Mar402 16:29:23 ~
$ cat Data/example.gtf | head -20 | cut -f 3 | sort | uniq -c #这些字母前存在着大量的空白
      1 CDS
     10 exon
      1 gene
      1 start_codon
      2 transcript
      5 UTR
Mar402 16:38:41 ~
$ cat Data/example.gtf | head -20 | cut -f 3 | sort | uniq -c | cut -d ' ' -f 6 #取前面的第六个空格，发现他们前面的空格并不是一样的

10




Mar402 16:39:04 ~
$ cat Data/example.gtf | head -20 | cut -f 3 | sort | uniq -c | cut -d ' ' -f 7
1
exon
1
1
2
5
Mar402 16:39:11 ~
$ cat Data/example.gtf | head -20 | cut -f 3 | sort | uniq -c |tr -s ' ' #tr-s 用于删除连续的字符
 1 CDS
 10 exon
 1 gene
 1 start_codon
 2 transcript
 5 UTR
Mar402 16:39:39 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c | tr -s ' ' #下面是为了计算第二列想加的数值（第一列是空格）
 29 CDS
 111 exon
 20 gene
 7 start_codon
 9 stop_codon
 34 transcript
 27 UTR
Mar402 16:49:04 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2 #以空格为分隔符将第二列提取出来
29
111
20
7
9
34
27
Mar402 16:50:33 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2 | paste -s #paste -s 横向拼接
29      111     20      7       9       34      27
Mar402 16:53:37 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2 | paste -s -d ':'  #paste -s -d以":"将他们连在一起
29:111:20:7:9:34:27
Mar402 16:53:53 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2 | paste -s -d '+'
29+111+20+7+9+34+27
Mar402 16:53:58 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2 | paste -s -d '+' | bc #最终求和 bc
237

文件内容查看 边界小结 图27

图27
图27

练习7

练习7
练习7
代码语言：txt
复制
Mar402 12:52:01 ~
$ less Data/example.gtf | wc
    237    6944   77781
Mar402 12:52:17 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 9 | head
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gene_id "ENSG00000223972"; transcript_id "ENST00000456328"; gene_type "protein_coding"; gene_status "KNOWN"; gene_name "RP11-34P13.1"; transcript_type "protein_coding"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "RP11-34P13.1-201"; level 3; havana_gene "OTTHUMG00000000961";
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Mar402 12:52:24 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 9 | cut -d ';' -f 1 | head
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gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
Mar402 12:53:26 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 9 | cut -d ';' -f 1 | sort | uniq -c
      8 gene_id "ENSG00000177693"
     15 gene_id "ENSG00000184731"
      3 gene_id "ENSG00000221311"
      3 gene_id "ENSG00000222623"
     19 gene_id "ENSG00000223972"
      4 gene_id "ENSG00000227061"
     83 gene_id "ENSG00000227232"
      8 gene_id "ENSG00000233004"
      3 gene_id "ENSG00000233750"
     15 gene_id "ENSG00000237613"
     12 gene_id "ENSG00000237683"
     18 gene_id "ENSG00000238009"
     12 gene_id "ENSG00000239368"
      4 gene_id "ENSG00000239906"
      4 gene_id "ENSG00000239945"
      3 gene_id "ENSG00000240361"
      3 gene_id "ENSG00000240786"
      4 gene_id "ENSG00000241599"
      8 gene_id "ENSG00000241860"
      8 gene_id "ENSG00000243485"
Mar402 12:53:46 ~
$ cat Data/example.gtf | cut -f 9 | cut -d ';' -f 1 | sort | uniq -c | tr -s ' ' '\t'
        8       gene_id "ENSG00000177693"
        15      gene_id "ENSG00000184731"
        3       gene_id "ENSG00000221311"
        3       gene_id "ENSG00000222623"
        19      gene_id "ENSG00000223972"
        4       gene_id "ENSG00000227061"
        83      gene_id "ENSG00000227232"
        8       gene_id "ENSG00000233004"
        3       gene_id "ENSG00000233750"
        15      gene_id "ENSG00000237613"
        12      gene_id "ENSG00000237683"
        18      gene_id "ENSG00000238009"
        12      gene_id "ENSG00000239368"
        4       gene_id "ENSG00000239906"
        4       gene_id "ENSG00000239945"
        3       gene_id "ENSG00000240361"
        3       gene_id "ENSG00000240786"
        4       gene_id "ENSG00000241599"
        8       gene_id "ENSG00000241860"
        8       gene_id "ENSG00000243485"
练习七2
练习七2
代码语言：txt
复制
Mar402 19:18:50 ~
$ cat Data/md5.txt #原文件格式不工整
fastq_md5       fastq_aspera
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49400c5685f36f830a277a59004b119d;ab4410a432cc18c1b9f10f93634e5310       SRR1039509_1.fastq.gz;SRR1039509_2.fastq.gz
d2c2d92c67c943648fdde6c70bc0d920;3e4223e08b97f37f3da17d686739e75c       SRR1039510_1.fastq.gz;SRR1039510_2.fastq.gz
4073b1519608c24c0c1119b580dfd9eb;2fcb23d5fb63e322d80cd3cab75faa0b       SRR1039511_1.fastq.gz;SRR1039511_2.fastq.gz
a35f30576f25ea548c7b3a28895a81cf;83bbe3c587d9477938826ea19c53a281       SRR1039512_1.fastq.gz;SRR1039512_2.fastq.gz
b3073b5b057f24208ac1853fdd4b5875;945cb34259d6dbf0362fe9018f769de4;ecb43490d03c9b325352e70488d58611      SRR1039513.fastq.gz;SRR1039513_1.fastq.gz;SRR1039513_2.fastq.gz
ae35fe0ce13badacc48c65717e811528;9ef4fe59d6378c513f933e24d12f6047       SRR1039514_1.fastq.gz;SRR1039514_2.fastq.gz
929b988eb5730eba77aeac98bf8be35f;c674d2ea79835165828b37258abbc925;5640a85f2c181d4886e905e74a32f041      SRR1039515.fastq.gz;SRR1039515_1.fastq.gz;SRR1039515_2.fastq.gz
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64d1444ad727f48066aeb6ad314d9190;a24eea863bdca0284591fcd5eb076a93       SRR1039518_1.fastq.gz;SRR1039518_2.fastq.gz
f11f41c013ffaf3a031c9836ce81e6ef;9283f111ef774248f6f666e4bf2b1f81;9bcb6c9675631b1dcb8b07f6916d546c      SRR1039519.fastq.gz;SRR1039519_1.fastq.gz;SRR1039519_2.fastq.gz
d8251c87ba3c803d4344c2b24c77b19d;ca8e0014e7ba56982adc37439cea0755;62838f21e66ec78030b51ee6019420ef      SRR1039520.fastq.gz;SRR1039520_1.fastq.gz;SRR1039520_2.fastq.gz
637e08d030778c6581731647f3c3d8cc;4be82ad33d7d4990bed3c4bc701dc070;435aa5e48ba77e4c42218930a0be0de1      SRR1039521.fastq.gz;SRR1039521_1.fastq.gz;SRR1039521_2.fastq.gz
789e86036c81a85d2c1f014f79822d64;54c572cead4074b126f0b81b344af1be;c461a163b72a71efb4027045e6b4d2f6      SRR1039522.fastq.gz;SRR1039522_1.fastq.gz;SRR1039522_2.fastq.gz
ae33f7f6d536d020a2562b8be6e9cc33;083213dc45820db2eb62d66b89e77ce9       SRR1039523_1.fastq.gz;SRR1039523_2.fastq.gz
Mar402 20:04:38 ~
$ cat Data/md5.txt | cut -f 1 #先将第一列取出
fastq_md5
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8f97b3dc8170ecd6fffb39101c3e5bf5;2c4d2ba3b812f14bce25966c98b5b5df;8599c02799338b9514e8d0077a8409e4
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637e08d030778c6581731647f3c3d8cc;4be82ad33d7d4990bed3c4bc701dc070;435aa5e48ba77e4c42218930a0be0de1
789e86036c81a85d2c1f014f79822d64;54c572cead4074b126f0b81b344af1be;c461a163b72a71efb4027045e6b4d2f6
ae33f7f6d536d020a2562b8be6e9cc33;083213dc45820db2eb62d66b89e77ce9
Mar402 20:08:31 ~
$ cat Data/md5.txt | cut -f 1 | tr ';' '\n' #将后面转换为换行
fastq_md5
d57df747bc142e9850074d512ab9d6db
3331c6a9e0183ff9d398a3292dd45f66
49400c5685f36f830a277a59004b119d
ab4410a432cc18c1b9f10f93634e5310
d2c2d92c67c943648fdde6c70bc0d920
3e4223e08b97f37f3da17d686739e75c
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2fcb23d5fb63e322d80cd3cab75faa0b
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b3073b5b057f24208ac1853fdd4b5875
945cb34259d6dbf0362fe9018f769de4
ecb43490d03c9b325352e70488d58611
ae35fe0ce13badacc48c65717e811528
9ef4fe59d6378c513f933e24d12f6047
929b988eb5730eba77aeac98bf8be35f
c674d2ea79835165828b37258abbc925
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8f97b3dc8170ecd6fffb39101c3e5bf5
2c4d2ba3b812f14bce25966c98b5b5df
8599c02799338b9514e8d0077a8409e4
1f2796f07033ec3bfab0981bd0674bb9
008ba2b3b589d553e3e9f8890d5481c2
64d1444ad727f48066aeb6ad314d9190
a24eea863bdca0284591fcd5eb076a93
f11f41c013ffaf3a031c9836ce81e6ef
9283f111ef774248f6f666e4bf2b1f81
9bcb6c9675631b1dcb8b07f6916d546c
d8251c87ba3c803d4344c2b24c77b19d
ca8e0014e7ba56982adc37439cea0755
62838f21e66ec78030b51ee6019420ef
637e08d030778c6581731647f3c3d8cc
4be82ad33d7d4990bed3c4bc701dc070
435aa5e48ba77e4c42218930a0be0de1
789e86036c81a85d2c1f014f79822d64
54c572cead4074b126f0b81b344af1be
c461a163b72a71efb4027045e6b4d2f6
ae33f7f6d536d020a2562b8be6e9cc33
083213dc45820db2eb62d66b89e77ce9
Mar402 20:09:07 ~
$ cat Data/md5.txt | cut -f 1 | tr ';' '\n' > tmp1 #将其保存为tmp1
Mar402 20:09:41 ~
$ cat Data/md5.txt | cut -f 2 | tr ';' '\n' > tmp2  #将其保存为tmp2
$ paste tmp1 tmp2 #将tmp1 tmp2粘在一起
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Mar402 20:11:56 ~
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原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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  • linux基础
    • ssh负责把命令传输到服务器上
    • SFTP负责把文件传输到服务器上
    • 服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是Linux系统。处理大型数据时就需要配置较高的服务器，比如生物信息学中的NGS组学测序数据上游处理就需要服务器。通常我们使用服务器是命令行远程访问而不是桌面操作。 Linux服务器的优点在于允许多用户同时访问。
    • 细节操作
    • 文件夹的管理或者路径有关的符号
  • Linux 命令格式:命令+参数+文件
  • 文件夹与文件夹管理命令
    • pwd 操作看图3
    • ls 具体看图4,5 ll -thr (具体信息 常用)
    • *匹配任意多个字符（0～正无穷）
    • ？匹配任何单个字符
  • 文件属性 ll -h (图6)
  • 文件权限 （图7）
    • cd 具体看图8
    • 绝对路径相对路径
  • 创建文件夹 图9
  • 创建新文件 touch
  • 文件的移动和重命名 看图10 图11
    • 文件删除 图12
  • 文件的复制粘贴 cp
    • ln:link 链接，分软连接（常用）和硬连接（默认）图13
  • 文件的压缩或者解压缩 图14
  • 其他压缩和解压命令 图15
    • 打包和压缩的区别 先打包后压缩
      • 打包：（tar）指将一大堆文件或目录变成一个总的文件
      • 压缩：将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件
  • 命令总结 图16
  • 常用的Linux快捷键 图17
  • linux 命令手册 http://linux.51yip.com/
  • Linux书籍 https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/
  • 文件查看 cat
    • zcat:可以查看压缩的文本文件 tac:逆向查看
    • head/tail -n :查看文件的前/后n行，默认10行
  • 文本统计 wc
  • 文本切割 cut
  • sort排序 看图23 24
  • uniq: 去除重复行，只能去除相邻的重复行！需要和sort连用
  • paste 文本合并
  • tr:字符替换
  • 文件内容查看 边界小结 图27
  • 练习7
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