生信星球学习小组Day2-召唤linux Jerry

今天是学习小组学习的第一天，主要是学习了解linux的基本概念、如何使用以及基本操作

1. 什么是linux

是与windows和Mac类似的操作系统 (OS)，能完成相同的操作，具有开源、免费、稳定、安全的特点

a. 应用场景

主要应用于supercomputer (服务器)，而不是computer(电脑)

于2016年底几乎已经攻陷了全部的服务器市场

服务器支持多用户同时使用，且互不干扰。内核、内存、硬盘都优于个人电脑配置

b. 权限控制

linux具有多用户的权限控制呢，用户之间互不影响

c. 命令行模式

区别于windows的图形界面，linux的操作靠命令行来实现

d. 目录结构

相当于windows的文件夹，linux系统没有C/D/E/F盘，文件系统呈树状

由于用户不唯一，像类似“我的电脑”这种级别的文件，用户是无法访问的，每个用户能到达的最高级目录“宿主目录”，即用户登录时所在的目录，宿主目录放在home目录下

图文来源于微信公众号生信星球

2. 为什么学生信要用linux？

生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源

命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求

当需要处理大数据时，linu比windows高效方便

服务器和电脑相互独立，电脑和系统不影响服务器使用，服务器不会损坏

3. 怎样召唤linux--阿里云服务器 & 怎样登录服务器--xshell和terminal

a. Windows10上的linux

win10 内置了Linxu而且并非“虚拟化”，这是一个原生运行在 windows10 上的子系统，即windows subsystem for Linux，可以自行安装使用

但这个linux界面只能学习基本操作，要处理实战数据跑程序需要用服务器。可以去单位/阿里云查看，远程登陆需要putty软件登陆ip地址和用户名

b. 云服务器上的linux

学习小组统一使用腾讯云服务器

服务器的登录：下载安装XShell-> 记住用户名密码的方式登录/命令行登录

4. linux基本操作

a. pwd

print working directory，显示当前路径

b. mkdir

make directory, 创建空目录

c. ls

list，显示列表

d. rm

remove，删除

删除的操作对象分为三类：普通文件、空目录、有内容的目录。他们对应的命令不同。

（1）删除文件--rm

（2）删除空目录--rmdir

（3）删除非空目录--rm -r

三个命令后加上删除的目录名。

第三个命令可以改进，rm-rf / 删除所有内容

-r 递归，多级目录一并删除

-f 强制删除，不用任何提示

e. cd

cd接目录名，进入该目录

cd -返回刚才的目录

主目录（家目录）：直接cd ，与cd ~ 效果一致

# 练习cd操作：进入tmp目录，然后查看当前路径，然后返回主目录
cd tmp
cd -

# 练习删除操作：
mkdir rm_test
cd rm_test
touch doodle.txt #touch是正经的新建命令，但是不如vi好使，vi是直接新建并打开编辑。
mkdir huahua
cd huahua
touch haha.txt
cd .. # 返回上级目录; cd ../.. 返回上两级目录
# 删除doodle.txt
rm doodle.txt
# 删除整个huahua目录
rm -r huahua
# 删除rm_test(已经是空目录了)
cd ..
rmdir rm_test

f. vi

vi 新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器）

cd tmp
vi hello_world.txt
#先保证电脑切换到了英文输入法，然后敲i键，就可以输入了
#写下你的感悟～几行简短的英文
# 按Esc键   #退出编辑模式
:x   #在左下角输入，意思是保存并退出
```'

代码来自微信公众号生信星球

g. cat

cat接文本文件的名字，查看并输出文本文件的内容。

q退出，否则后续命令无法运行

head 接文本文件名，默认输出前10行，

tail 接文本文件名，默认输出后10行，加上-n 自定义输出几行

例如：head -n 3 hello_world.txt (-n与head之间有空格，-n和3之间空格可有可无)

h. cp

复制文件

cp file1 file2 就是复制file1，命名为file2

i. mv

mv 将文件移入文件夹，或者重命名

mv file 路径是移动file到某路径下

mv file1 file2是将file1重命名为file2

# 练习：将新文件hello_world.txt，重命名为home.txt ，移动到主目录下（路径是～)
mv hello_world.txt home.txt
mv home.txt ~
# 小技巧：tab键可以补齐命令和文件名称

5. 练习

# ls输出的是横向的列表，怎样输出长格式列表（提示：搜索ls）
ls -l   #使用长清单模式来列出文件和目录，可以详细的看出文件或文件夹的大小、权限、时间戳、所有者等信息
# 如何查看长格式列表中文件的大小？（提示：ls）
ls -lh #显示文件大小
# 查看Linux系统版本、内存与硬盘空间？（提示：分别是三个命令）
cat /proc/version #查看当前操作系统版本信息
cat /proc/meminfo #查看内存
df -TH #查看硬盘空间
# 怎样建立类似/tmp/tmp1/tmp1.1 这样的层级目录（提示：搜索mkdir）
mkdir -p directory1/directory2/directory3 #建立层级目录
# 怎样删除这些层级目录（提示：搜索rm）
rm -r test1/test2/test3 #

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