day3 linux study3

linux 上安装软件

1. 了解conda：
2. conda是一个大boss，软件包管理器；
3. anaconda是总管，职级在conda下面；
4. miniconda是区域经理，主要负责生信领域；

2.下载conda-miniconda：

=》进入：

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本

=〉接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

=》安装最新版本（latest）

创建biosoft 目录，

用wget命令来做。wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

点击回车

3.安装和配置miniconda：

执行命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

开始安装过程，如图：

yes的地方yes，enter的地方enter；

当出现 Thank you for installing Miniconda3! 表示安装成功。

4.使用miniconda；

需要激活conda。执行命令：source ~/.bashrc 来激活。

当输入conda，出现满屏的信息说明安装ok了，

注：添加镜像：配置镜像，从镜像网站下载，加快下载速度。

使用中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

使用：查看列表：conda list；

安装软件：conda install fastqc -y(-y就是yes的意思)

确认软件是否安装成功：输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。

查看conda的有哪些环境

执行命令：conda info --envs ，带*的就是默认的

如何处理举例：

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base

我们该激活新的conda环境了

conda activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；

另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;

如果要退出当前环境，就运行conda deactivate