ldsc 计算遗传力+遗传相关+LD score的python程序安装以及测试

大家好，我是邓飞，今天介绍一下LDSC软件的安装。

LDSC是一个用python语言编写的程序，可以使用GWAS的summary结果，计算遗传力，遗传相关以及LD 得分，功能强大，应用广泛。

ldsc is a command line tool for estimating heritability and genetic correlation from GWAS summary statistics. ldsc also computes LD Scores.

官网地址：

• https://github.com/bulik/ldsc

1. 软件安装

1.1 windows安装教程

首先配置：

• anaconda，为了需要conda环境
• git，为了下载github中的ldsc程序

打开windows电脑中的promote：

键入命令：

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

可以看到，正在从github中下载ldsc程序：

正在创建conda环境：

报错：

貌似python没有配置好。

这个bug后面博客更新。

1.2 Linux安装：

下载ldsc软件

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc

配置conda环境：

conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

还在运行中：

激活ldsc虚拟环境成功：

测试是否安装成功：

./ldsc.py -h
./munge_sumstats.py -h

出现下面帮助文档，说明软件安装成功：

2. 软件测试

里面有test文件 夹，里面有测试数据和代码：

下一章节介绍ldsc的运行教程。