进化树、群体结构、PCA分析需要对LD进行质控吗？

1，Admixture建议进行LD质控

Admixtue说明文档中介绍：去掉LD高的SNP不会对结果有影响，因为计算不依赖于LD，会大大提升运行速度。关于Admixture，可以参考这篇博客：Admixture使用说明文档cookbook

如果我们使用plink进行LD质控，可以用下面的代码，标准默认是0.1，有时候也可以选择0.2或者0.05，根据自己的数据量确定。

2，亲缘关系建议使用所有的SNP

亲缘关系矩阵，我们做GS时的GBLUP方法，没见过谁用质控LD后的SNP构建亲缘关系，无论是芯片，还是重测序，一般认为数据量越大，准确性越好，使用质控LD后的SNP构建G矩阵，然后进行GS分析，自废武功，非常无意义。

还有人问我，要不要使用LD质控后的SNP位点进行GWAS分析，我一个黑人打问号？？？Excuse me？？？答案是：不可以，要使用全部的SNP，进行基础质控就行了，GWAS就是依赖于LD去进行位点的挖掘，你把LD质控了，你还定位个毛毛。。。

3，PCA分析要不要使用LD质控后的SNP

这个问题，首先要知道PCA是怎么来的，它是根据亲缘关系矩阵计算的！！！，具体参考这篇博客：GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化，以及这篇文章：主成分分析PCA并给出解释百分比

构建亲缘关系矩阵，不能LD质控SNP位点，你告诉我PCA分析要质控LD位点？why！！！

4，进化树分析要不要使用LD质控后的SNP

进化树是怎么绘制的？它也要用到亲缘关系矩阵，计算遗传距离，不过计算方法和G矩阵不太一样，但是基本趋势一致，所以……，也不能使用LD质控后的SNP位点。

PS：LD质控，是为了降低数据量，特别是admixture进行群体结构分析时，会大大降低运行的时间，当然，有多线程和大内存服务器的小伙伴，完全可以用所有的位点，毕竟成年人的世界，两者都要才是普遍的，都跑一下，看看结果是否有差异。

个人经验，无论是LD质控不质控，只要剩下有一定的数据量，结果变化不大。如果数据量较小，那就会有差异。