Day3生信入门——linux如何安装软件

软件管理Miniconda

1. 下载miniconda：terminal登陆linux后输入wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

想用2就python2 + xx.py; 想用3就python3 + xx.py

2. 安装miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3. 输入自己的安装路径

【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】

4. 激活conda source ~/.bashrc 命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了 conda list检查已安装软件

5. 配置镜像文件

1) 清华源： 命令行复制粘贴就好

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

2) USTC:

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

查看channels:conda config --get channels

移除某个channels：conda config --remove channels

6. 软件安装

1）conda install 软件名称(ex.cutadapt)

2）软件更新 ： conda update 软件名

3）若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc

4）安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.12

5）软件卸载： conda remove 软件名

conda卸载

A ：首先 rm -rf ~/miniconda3

B: 环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存【有个小技巧：vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行】

C: 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

安装➡️激活➡️镜像（北外镜像）`conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes`

使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
2. 安装软件 conda install fastqc -y 3.确认fastqc软件是否安装成功 输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
   
3. 卸载软件 conda remove fastqc -yconda 环境👀 查看当前conda 有哪些环境 conda info --envs (前面带*的就是当前激活的) 👀 比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 。。。。。。。。（后续内容不太理解 抽空重新学习 conda环境）