Rmarkdown使用及转换为R文件

Rmarkdown简介

想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。

那什么是Rmarkdown呢？

R Markdown是一种用于创建动态文档的工具，它结合了R代码、文本和结果展示。使用R Markdown，你可以将代码、分析结果、图表和解释性文本组合在一起，创建可重复、可交互和可发布的报告、演示文稿、网页和其他文档。

以下是R Markdown的一些主要特点和用途：

1. 可嵌入R代码：在R Markdown文档中，你可以直接嵌入R代码块，并使用R语言进行数据处理、分析和可视化。代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。
2. 多种输出格式：R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等。你可以根据需要选择适合的输出格式，并使用相应的R包和设置来生成最终的文档。
3. 可嵌入文本和标记：除了R代码，你还可以在R Markdown文档中嵌入文本、标题、段落、列表、链接、图片等。你可以使用Markdown或HTML标记语言来格式化文本和添加样式。
4. 动态生成结果：R Markdown可以自动执行R代码块，并将结果嵌入到文档中。这意味着你可以在文档中显示数据摘要、统计摘要、图表、表格和其他分析结果，而无需手动复制和粘贴。
5. 可交互性和可重复性：R Markdown文档可以包含交互式元素，如Shiny应用程序、可交互的图表和动态可视化。此外，由于代码和结果是在同一个文档中，因此你可以轻松地重复执行和更新分析，确保结果的一致性和可重复性。
6. 易于分享和发布：R Markdown文档可以轻松地分享和发布，无论是作为静态文档、动态应用程序还是网页。你可以将R Markdown文档转换为不同的输出格式，并将其共享给他人，以便他们查看、交互和复制你的分析。

引自chatGPT的解释，BioinfoArk提供的中国区chatGPT

Rmarkdown使用

新建：打开Rstudio，在New File里面选择RMarkdown

设置相应的开头部分：输入标题、名字以及勾选需要的选项

使用方法：可以按照文件分的区域，按照需要的格式整理注释信息、代码块或者导入图片等。当你熟悉使用规则之后，还可以在全局设置栏加一下自己需要的设置。

具体的文件格式

文件保存于导出：除了可以将文件保存为Rmd格式外，还可以使用Knit导出为HTML格式（常用）、PDF格式或者Word格式

导出为R初代码文件：使用knit命令可以将Rmd文件导出为纯R代码文件，具体推文：快速将rmd文件转化为R纯代码文件，你喜欢吗？

knitr::purl("test.Rmd","test.R", documentation = 2)