学习小组Day1-bubble

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

source .bashrc

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda config --set auto_activate_base false

conda create -n xxx
# xxx可以是所创建环境名eg:rna
输入y 回车
# 激活环境
conda activate rna
# 成功进入rna环境之中啦
# 退出环境
conda deactivate

# trinity也可以是别的只要是软件名即可 eg：sratoolskit 用于下载数据 这里我sratools 是官网用迅雷下载利用xftp上传就不写了
conda install -c bioconda trinity 

prefetch SRRxxxxxx

1.fastq-dump --split-e --gzip ./SRRxxxxxx/SRRxxxxxx.sra # 将sra数据放在文件中的解压
2.fastq-dump --split-e SRRxxxxxx.sra # 在当前sra文件中的解压
# 两种方式只有路径区别自己看好文件路径即可

fastq-dump-defline-seq@$sn[_$rn]/$ri'--split-files file.sra

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files --gzip ./SRRxxxxxx/SRRxxxxx.sra
# 会有两个文件输出SRRxxxxxx_1.fastq.gz SRRxxxxxx_2.fastq.gz
# 终于能正常运行了T_T

nohup java -jar /下载的软件路径/trimmomatic.jar PE -threads 6 -phred33 -trimlog test.log SRRxxxxxx_1.fastq.gz SRRxxxxxx_2.fastq.gz SRRxxxxxx_1_1.fastq.gz SRRxxxxxx_1_2.fastq.gz SRRxxxxxx_2_1.fastq.gz SRRxxxxxx_2_2.fastq.gz HEADCROP:15 &
# 输出四个文件  SRRxxxxxx_1_1.fastq.gz SRRxxxxxx_1_2.fastq.gz SRRxxxxxx_2_1.fastq.gz SRRxxxxxx_2_2.fastq.gz
# SRRxxxxxx_1.fasta .gz SRRxxxxxx_2.fasta .gz 是输入文件
# SRRxxxxxx_1_1.fastq.gz .和SRRxxxxxx_2_1.fastq.gz .过滤之后的rna
# SRRxxxxxx_1_1.gz .和SRRxxxxxx_2_1.gz .过滤之后不要的
#其中 SRRxxxxxx_1_1.fastq.gz  SRRxxxxxx_2_1.fastq.gz是之后需要用到的

nohup Trinity --seqType fq --max_memory 50G --left SRRxxxxxx_1_1.fastq.gz  --right SRRxxxxxx_2_1.fastq.gz  --CPU 6 --output SRRxxxxxx-Trinity &
#  --seqType fq必要参数
#  --max_memory 50G最大运存
#  --CPU 6线程数
#  --output SRRxxxxxx-Trinity 输出文件名