Day3-蓝色柠檬
原创Day3-蓝色柠檬
原创
今天是学习的第三天重点学习Linux环境下软件的安装，开始用我不怎么灵光的脑子努力学习，哈哈哈~
一、下载miniconda到服务器
首先，进入“miniconda 清华”官网，我直接用了【生信星球】老师推荐的链接进入。
按照更新时间寻找，最新版Linux的miniconda软件，将其安装到服务器上，之后在服务器输入安装命令。(可以确定一下服务器是多少位的：uname -a)
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh二、安装激活miniconda
2.1安装步骤 命令+手动
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 把miniconda安装到服务器上后，需要手动安装，注意在提示下按回车，此步骤不要着急，一行一行慢慢按，防止报错，等到出现输入，yes or no的选项时注意输入yes并enter，在提示下一步步进行，待出现以下界面就说明安装成功了。
2.2激活步骤
source ~/.bashrc #注意空格，用以激活conda
conda #查看是否完成激活
2.3添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度！！这里使用北外的镜像。这里直接使用【生信星球】的命令。
# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes一步一步复制，注意复制一步就需要按回车，否则会报错。
三、使用Conda
3.1查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
3.2安装软件
conda install fastqc -y（-y就是yes的意思，现在输入就防止手动安装）
3.3确认fastqc软件是否安装成功
fastqc --help（出现帮助文档则说明安装成功了）
3.4卸载软件
conda remove fastqc -y
基于此，利用conda进行软件安装与卸载就学习了一遍。
四、附件题
这个部分被称为选修，今天时间比较充裕，因此把后面也学习一下。
conda info --envs #确定conda是否激活，*在路径前则表明激活
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #含义为先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）转录组数据分析
conda info --envs #再次查看conda环境，此时多了一个rna-seq
conda activate rna-seq #激活新环境rna-seq
conda info --envs #查看conda环境，*到了rna-seq前，说明上一步操作成功
fastqc --help #确定一下fastqc是否安装成功，出现帮助文档-成功了
conda deactivate #退出当前环境第三步输出结果
第五步输出结果
本次学习最花费时间的地方在于手动安装miniconda，提示要一步步来，不要心急，心急吃不了热豆腐，如果一直按回车在需要输入yes的地方也不小心按到回车，就导致服务器安装程序报错，可以关掉Xshell，再重新安装一次，如果重复下载miniconda，请记住删除多余的miniconda包（rm 程序名）
最有意思的点在于，可以用conda既创建新环境，又同时安装多个软件！！学习Linux还是很有意思的。
回顾昨天有意思的一个练习，vi和cat命令
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
腾讯云开发者
