2023-10月的马拉松在线互动授课答疑精选
2023-10月的马拉松在线互动授课答疑精选
上一期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。
下面是优秀实习生的整理和分享
1【课程形式】咱上课需要能语音交流吗
不可以语音连线，可以打字提问。文字能梳理提问的思路，必要时还需要辅助图文并茂参考文献这样的话我们才能更好的回答学术问题
2【R报错】好几个包都报了这个错，要咋解决？
安装一下Rtools 4.3 ，在群公告网盘里有。
3【课前准备】请问这样就表示R包准备工作完成了吗？
可以啦，非常棒！
4【课程形式】想问下，课程会有录屏吗，平时有些课程有些冲突
有的！每天直播结束，直播回放会自动保存在钉钉群视频，一年内无限制可以随时观看回放。
5【R报错】请问这个是为什么？
被lock了。重启Rstudio，或者去这个文件夹，删除这个。
6【IGV问题都可以先跳过】IGV点安装以后，它进度条满了就闪退了怎么办呢？
这个不重要哈，忽略它，第四周再说。
7【课前准备】如果有warning是不是不用管？
这个没问题，不是error，就不怕！
8【R报错】这个怎么解决？
BiocManager::install(c("hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
运行一下这句代码，安装缺的包。缺什么包就安装它，不要怕
9【课前准备】我好像还是不会安装，乱七八糟的
这个没有报错呀 是安装成功了的。
10【课前准备】因为我的电脑内存比较小，所以我是在服务器上跑R，是4.1版本，里面有一些之前的数据和安装的很多的R包。为了更好的学习，我需要在本地安装4.3版本吗；还是我把我服务器的R更新到4.3版本，如果这样的话，更新R后会影响我之前安装的包的使用吗
我们授课了很多代码都只是练习使用，所以你在本地会比较方便一点，等你将来真的要做大项目的时候再去服务器，然后尽可能优先使用本地，因为我们主要是做基于r语言的统计格式化，实际上对大的计算资源要求并不高。
11【课程形式】回看的话，是不是得用电脑版的钉钉？
都可以呢，建议电脑和手机都有
12【R】这个大家打得开嘛
Rdata是可以使用代码来load读入环境里，在Rstudio里打开。
13【R】中括号内的输出值，应该不会是整数，而且是负数；这样的下标放在中括号内，为什么会有输出值
在括号外的大概就是这个意思
14【R环境】请问这个g文件打开后是只能看到”> load("C:/Users/12441/Desktop/biotrainee/gands.Rdata")“这一行代码还是可以看到其它什么呀？
右上角窗口，可以查看Rdata中储存的变量等。
15【R】readtable 快捷选中文件是按哪个键来着？点了后会弹出个小窗
read.table("") 输入引号后按tab键
16【快捷键】想请教一下R语言和Rstudio如果都没有安装在C盘会受影响吗？
尽量都装在C盘，避免后面出现问题~ 如果你至今使用起来没啥问题，也可以暂时不管。遇到问题再说~
17【快捷键】请问一下R中逻辑符号的“或“是什么快捷键
|，在SHIFT和退格键之间，不同的键盘模具位置不一样。
18【课前准备】想请教一下，安装完R包发现里面没有视频里老师讲的KEGG.db怎么办
这个包可能是过期了，没关系的，不影响上课。
19【mac与R】我在mac上按照公告下载了R和R studio，并且在桌面上新建了R_02的文件夹，文件夹里包含R_02.Rproj，和一些csv文件。我单击R_02.Rproj进入R studio的时候一直出现连接不到文件夹，这是为什么呢
学员自己的解决办法：破案了，不知道为什么我的R studio访问不了我的桌面文件（Desktop），我把含有R project的文件夹拉到documents里面之后，就可以访问一切正常了。
20【文件读取】我的txt文件只能通过excel中导入文件打开，但是不能双击文件打开，txt文件默认打开模式也是excel，为什么不能双击快捷打开呢
右键，使用 sublime 打开。
21【R】Global (CDN) - RStudio这个下载源它会默认用国内的镜像站作为下载源吗
不会，用上课讲的方法设置镜像。
22【R】有个地方不理解，我理解的是class(1:10)会返回vector，结果返回的是integer，有些出乎我的意料，那这么说vector的类型取决于其内部的元素类型了？还有一点，为啥class(c(1,2,3))和class(1:3)返回的类型还不一样了？用c(1，2，3)手搓出来的就是num，用1:3搞出来的就是int，我不是很理解R为啥这么搞
这个知识点我们其实并没有讲过，就是数值型，其实它分两种，一种是双精度浮点数double，另一种是整数integer，这两种呢，都属于数值型。他们在极少情况下要区分，所以我们上课没有讲过，然后你遇到的手搓c(1,2,3)，它默认的就是双进度浮点数，而你去用1:3去生成，它默认的就是整数，因为它只能生成整数。事实就是这样，至于他们为什么默认的设置不相同，有什么内层的道理，这些无关紧要的知识，发现一下，图个乐子还可以，再深究下去，掉牛角尖儿里就没有必要了。
23【R绘图】我今天尝试在课件中的堆叠条形图代码的基础上增加黑色边框，其中与黑色边框设置的代码如图，但是运行后得到的边框始终是红色，未见报错，想问一下原因和解决办法
根据数据变化的参数放在aes里，这个color直接放在geom_bar函数里就好。
24【R】按tab为啥没反应？
大概率你还没赋值df1变量。
25【服务器连接】linux需要配置电脑啥的么
装一个软件连接服务器即可。
26【服务器】这个服务器我们课程结束之后是不是用不了了呀？要租吗？
我们给大家提供的服务器“保质期”是2个月，并且配置比较一般，够上课但是不够处理大型数据的。如果以后需要分析自己的大型数据的话可以考虑自己租一个噢。
27【IGV】Windows系统是下载左边还是右边呀
左边。
28【R】这是什么情况？
你对console并没有太清楚的了解，前面是个+号，程序以为你还在输入代码。就是因为你前面的代码没有写完但是你自己不知道。。。
29【服务器连接】登录服务器可以用电脑自带的terminal吗，还是必须用termius
可以的。
30【R绘图】为什么k2的这种写法画boxplot图时会出错，但是k3画图又没有问题
注意你的大小写K。
31【Linux】我明明指定了以*&*分隔，为啥结果不对呢？
只能识别第一个字符。
32【Linux】想问一下这个代码错在哪里呢
path赋值不能有空格。
33【Linux】我想试着在testDir1-testDir10这十个文件夹中都生成myFile1-myFile10，用了下面图里的代码，为啥只是在testDir1-10里面各自生成了一个名为myFile{1:10}的文件，而不是生成了myFile1-myFile10一共10个文件？
试试把最后的{1:10}改为{1..10}。
34【Linux】在rm 中i 交互回答中，为啥我没出来呢？
你必须要把这个命令写对，然后才能跟他交互，你试试rm -ir 1
35【R】drop values要怎么理解？原先看文档的时候不理解
有一些数据，你比如说大多数的数字吧，它都是几十的几百的；但是有一些数儿呢，它是0或是取log没有加一，产生了一些比零小的数字，这些数字也会影响相关性的计算，但是它没有什么必要参与计算。所以我就设置了这样的一个参数，允许你把那些值特别小的点去掉。
36【Linux小环境】安装Linux软件包的时候，忘记创建小环境了，全部装在base里了，怎么办？
最简单的办法就是删了conda从头再来，建议从头就使用小环境来管理。
直接rm ~/miniconda3就可以了
37【R】条件语句的两种写法，为什么上面那种写法会报错，而下面那个没有问题
38【Linux软件安装】帮忙看看rstudio为啥装不上，r是4.2.1版本
这里的报错是：PackagesNotFoundError。因为rstudio是在r这个频道里，我们没有添加过，所以找不到。另外，因为我们用的大多数r包是在bioconda频道里的，即使需要安装r包，一般也不需要添加r这个频道的。
conda install -c r rstudio
如果运行后在转圈，方法1：让他再转一转等一等，或许conda自己能找到出路；方法2：找个r频道的镜像试试。
39【Linux】htop后出现满屏的线程，要如何操作才能找到自己要的进程？
进程在线程下方，输入u 再输入自己的用户名。
40【课程引用】发公众号可以用你们上课的课件图片（会标注来自生信技能树）吗？
只需要标注清楚来源，是欢迎你使用的。
41【R绘图】我用GOplot做弦图的时候，只是添加了颜色就出现这样的错误，按默认颜色就能出图是为什么呀？
学员解答：ribbon.col=brewer.pal(分配颜色数量, "颜色集"))，我刚才直接用的是length，第一列算进去了，多了个颜色就匹配不上了
42【Linux】我有个参数相关的问题想问一下: cut -d 默认指定\t，所以我是这么写的，为什么和省略不写不一样啊
因为 cut -d \t 会适得其反，-d 后面加了两个字符不好识别，程序本身就这么设计的，虽然还有其他方法可以修改，但是。。。能偷懒就偷懒。
43【R】用filter() 筛选行的时候，为什么报错说要是个逻辑值向量呀？应该怎么改呢？
因为这个函数第一个参数是数据框，第二个参数是逻辑值。比如filter(iris,Sepal.Length>7)
44【GEO】请问为什么两个对应的GPL编号居然都找不到注释吗?(GPL28538)
你这个数据压根儿都不需要注释，为什么要注释呢？注释是为了去找探针和基因symbol之间的对应关系。巧了，你这个数据没有探针，它直接就是基因symbol，所以还有什么好转换的呢？
45【Linux软件安装】hisat2 -h报错了怎么办？就算换个环境他还是显示这样，hisat2一直就调用不了
请参照群文档【腾讯文档】常见报错
46【Linux软件安装】出现这种情况该怎么办？
安装这个版本的trim
conda install -y trim-galore==0.6.7
47【R】请问安装BiocManager包时总是出现这个报错是怎么回事
你修改了R包安装路径？你可以再改，换个没有中文，没有特殊字符（空格，标点）的路径。
48【clusterProfiler】library(clusterProfiler)时说是不存在叫‘HPO.db’这个名字的程辑包，然后我安装HPO.db包时没有error，出现了warning信息，理论上是不影响使用，但是我library("HPO.db")还是报错。
安装 clusterProfiler 出现报错：依赖包不存在， 这其实是新版本的 bioconductor 3.18 在使用 clusterProfiler 的时候，引入了一个新的依赖包 HPO.db （还有 MPO.db），这个包在安装的时候，编译过程可能需要联网下载缓存数据。
该包出自 Y 叔实验室，在 github 上面有相关的 issue：https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/606 亲测确实不好安装，本地服务器，开代理，服务器上都无法安装成功，怀疑是 R 包没有写好，是 Y叔一个学生写的：最后在这个学生 github 上面找到了解决方法，下载他提交的本地安装版本即可。
文末友情宣传
强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：
腾讯云开发者
