cellchat-(2)信号通路可视化-下
原创
学习，记录，分享。
上一篇学习了单个配体受体或信号通路的可视化方式，这篇学习多个配体受体对和信号通路及相应基因表达水平的可视化。
主要分三部分：
- 气泡图
- 和弦图
- 小提琴图
1. 气泡图
气泡图适合用来展示指定细胞之间的相互作用关系，或者指定信号通路发生在哪些细胞间。气泡图的优势是能同时反应p值和作用强度。
# 查看指定细胞间的相互作用
netVisual_bubble(
cellchat,
sources.use = 8,
targets.use = c(1, 3, 5),
remove.isolate = FALSE
)
# 查看指定细胞间的指定信号通路
netVisual_bubble(
cellchat,
sources.use = 8,
targets.use = c(1, 3, 5),
signaling = "MHC-I",
remove.isolate = FALSE
)
# 查看指定受体配体对在所有细胞间的作用
netVisual_bubble(
cellchat,
# sources.use = 2,
# targets.use = c(1, 3, 5),
pairLR.use = extractEnrichedLR(cellchat, signaling = "MHC-I"),
remove.isolate = FALSE
)
2. 和弦图
和弦图能展示的信息和气泡图相似，但其优势在于方向性，通过和弦图，我们可以清晰的看到信号的方向，不管是从配体到受体还是配体细胞到受体细胞，都能用和弦图很好的展示出来。
# 某种细胞作为source的相互作用
netVisual_chord_gene(
cellchat,
sources.use = 2,
targets.use = c(1, 3, 5),
lab.cex = 0.5,
legend.pos.y = 30
)
# 某种细胞作为target的相互作用
netVisual_chord_gene(
cellchat,
sources.use = c(1, 3, 5),
targets.use = 2,
legend.pos.x = 15
)
# 指定细胞间的所有信号通路
netVisual_chord_gene(
cellchat,
sources.use = c(1, 3, 5),
targets.use = 2,
slot.name = "netP", #这里使用netP, 展示的就是信号通路水平，可以和上图代码比较
legend.pos.x = 10
)
# 指定信号通路在指定细胞间的作用
netVisual_chord_gene(
cellchat,
sources.use = 2,
# targets.use = c(1, 3, 5),
signaling = "MHC-I",
legend.pos.x = 8
)
3. 小提琴图
小提琴图可以展示信号通路相关基因的表达水平，实际上和seurat的小提琴图是一样的。
plotGeneExpression(cellchat, signaling = "MHC-I") #仅展示具有显著意义的信号通路中的基因
plotGeneExpression(cellchat, signaling = "MHC-I", enriched.only = FALSE) #展示该信号通路中的所有基因
参考资料：
- cellchat官方教程(https://github.com/sqjin/CellChat)
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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