生信学习-Day5-数据结构

花豆寄语！！！！

（1）R的规范赋值符号是 <- ，也可以用 = 代替。

（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行。

（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。

（4）显示工作路径 getwd()。

（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。

（6）表格在R语言中称为数据框。

（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。

（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）

①向量（vector）

②矩阵（Matrix）

③数组（Array)

④数据框（Data frame）

⑤List

向量

1.标量和向量的区别

x=c(1,2,3)#常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量

x=1:10#从1-10之间所有的整数

x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数

x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

2.从向量中提取元素

两种主要方法

数据框

思维导图

如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。修改工作目录的方法：setwd("")或者可视化修改：在菜单栏中，选择Session > Set Working Directory > Choose Directory...。会出现一个对话框，让您在文件系统中浏览并选择目录。选择目录后，RStudio会自动运行setwd()函数来更改工作目录。

1.读取本地数据

读取：read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)

赋值：a=read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)

2.查看行名和列名、行数和列数

colnames(a) #查看列名

rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

dim(a)#几行几列

3.数据框的导出

chatGPT (1)a: 这是要写入文件的数据。a 应该是R中的一个数据框（data.frame）或其他类似表格结构的对象。

(2)file = "yu.txt": 这指定了输出文件的名称，即将数据写入名为 "yu.txt" 的文本文件中。这个文件将会被保存在当前工作目录下，除非你指定了一个完整的路径。

(3)sep = ",": 这定义了字段之间的分隔符。在这里，它指定逗号（,）作为列的分隔符，这意味着输出的文件将是一个逗号分隔值（CSV）文件，可以用电子表格软件如Microsoft Excel打开。

(4)quote = F: 这指定是否将数据的每个元素用引号括起来。F 是 FALSE 的缩写，意味着在输出的文件中，数据将不会被引号包围。

综上所述，这段代码的作用是将名为 a 的数据集以CSV格式（逗号分隔）写入当前工作目录下的 "yu.txt" 文件，且数据字段不会被引号包围。如果 "yu.txt" 文件已经存在，它将被这个新文件覆盖。

4.变量的保存与重新加载

这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量

save(a,file="test.RData")#保存其中一个变量

load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

您提供的R代码中包含了三个与R数据存储和加载相关的函数的使用：

(1)save.image(file="bioinfoplanet.RData"):这个命令将保存当前R会话中的所有对象（变量、数据框、函数等）到一个名为"bioinfoplanet.RData"的文件中。这个文件会被保存在当前工作目录下，除非您指定了一个完整的路径。

(2)save(a, file="test.RData"):这个命令仅仅保存名为a的对象到一个名为"test.RData"的文件中。这也是一个二进制文件，可以存储任何R对象（比如向量、矩阵、数据框等）。如果您有多个对象要保存，可以一起传递它们的名字，例如save(a, b, c, file="test.RData")。

(3)load("test.RData"):这个命令用于加载之前保存的"test.RData"文件。这会将文件中的对象恢复到当前R会话中。如果这个文件包含了对象a，那么a将被重新创建在当前环境中。

请注意，使用load()函数时，它将直接在当前环境中恢复对象，不需要赋值给一个变量。如果文件中的对象在当前环境中已存在，它们将被覆盖。因此，在使用load()之前，请确保您不会意外覆盖重要的数据。

5.提取元素

a[x,y]#第x行第y列

a[x,]#第x行

a[,y]#第y列

a[y] #也是第y列

a[a:b]#第a列到第b列或者 a[,a:b]

a[a:b,]#第a行到第b行

a[c(a,b)]#第a列和第b列

a$列名#也可以提取列(只能提取一列)

6.直接使用数据框中的变量

plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)

问题：save(a,file="test.RData")这句代码如果报错object a not found，是为什么，应该怎么解决？

（1）对象未定义：在尝试保存之前，您可能没有创建或定义对象 a。确保在执行 save() 函数之前，对象 a 已经在您的R环境中被正确创建并包含了数据。

（2）拼写错误：可能是您在引用对象时拼写错误。检查对象名 a 是否正确，注意R是区分大小写的。

（3）对象不在当前环境：如果您正在使用某种形式的作用域（如函数内部），a 可能不在当前作用域中。

为解决这个问题，您可以：

(1)确保在执行 save() 之前创建并赋值给 a。例如：

a <- [您的数据]

save(a, file="test.RData")

(2)检查 a 是否已经存在于您的环境中。您可以使用 ls() 函数列出当前环境中的所有对象，以确认 a 是否存在：

ls()

(3)如果 a 是在某个特定环境（例如函数内部）中创建的，确保在正确的作用域内进行操作，或者将 a 传递到可以访问它的作用域中。

(4)检查是否有任何拼写错误，包括大小写错误。

通过这些步骤，您应该能够识别并解决 "object a not found" 的错误。