生信马拉松 Day15 Linux-shell笔记

原创

阿呆的月历

发布于 2024-02-05 19:47:30

1350

碎碎念：完蛋了，虽然补完了linux的课程但是感觉linux对我来说还像新的一样，完全不知道怎么用以及有什么用，唯一能记住的东西只有自己以前在书上学过的部分，现在回想起来觉得前面R的内容学的好，不会只是因为我本来就会吧!!!∑(ﾟДﾟノ)ノ，突然就明白了曾老师在群里说完成Linux的题目需要至少1个月才能完成，简直保守了----

附上曾老师Linux题目的链接：http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

笔记正文如下：

内容一：查看服务器信息

lscpu
# 查看CPU信息

free -h 
#查看内存信息

df -h 
#查看硬盘信息

du -h -d 1 
##查看第一层文件夹的大小

du -sh ~ 
#查看家目录的总结，~可以被其他文件夹名代替

top 
#查看系统进程和任务，按q或者ctrl+C退出

htop 
#可以达到相同的效果，但是需要用conda安装

htop -u <username> 
#可以只看某一个用户名的使用情况

内容二：变量

1.自定义变量

由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等（注：=前后不要有空格）

a=gene
echo $a
#gene

echo 'This is a $a'
#This is a $a

echo "This is a $a"
#This is a gene

单引号：变量不会被解释

双引号：变量会被解释

2.环境变量

3.状态变量

用于记录命令的运行结果，常用的是$?，用于获取上一条命令的执行情况，输出0时代表成功，不是0就代表出错了

ls
echo $?
#0

4.位置参数变量

内容三：结构化语句

1.条件语句if

# 写法1
if commad 
then
   commands
fi

# 写法2
if command
then
 commands
else
 commands
fi

if [ 1 -eq 1 ]
then
  echo 'Hi'
else
  echo '???'
fi
#Hi！

#另一种写法
if [ 1 -eq 1 ]; then echo 'Hi'; else echo '???'; fi

注意方括号[]和两个1之间都有空格，否则会报错

；表示语句的分隔，各干各的

如果写&&就有承接关系，只有前面执行成功了后面才能执行

2.循环语句for

for i in list
do 
 commands
done



for i in 1 2 3 4 5
do
echo "${i} Hi!"
sleep 3s
done



for i in {1..10}
do
touch file${i}
done
# 注意：变量前要加${}

# 两种使Linux把内部正则表达式提前展开的方式
for i in $(ls file\*)

for i in `ls file\*`

3.循环语句while

while read id
do 
 commands
done

内容四：参数扩展

for i in {1..10}
do
 touch file${i}.txt
done

ls file* > config

cat config | while read id
do
mv ${id} ${id%.txt}
done

id=example.test.fq

echo ${id#example}

内容五：shebang

脚本首行的 #! 符号是Linux的Shebang符号，指定解释器，一般用bash

#!/bin/bash

但作为文件而言，有没有这一行不影响脚本的使用

但当做命令来用在Linux在使用其他编程语言，需要在shebang中定义解释器，Python是python、python2、python3，R是 Rscript

可以用which来查找解释器的位置，例如which Rscript

shebang具有扩展性

通用写法如下

#!/usr/bin/env bash

#!/usr/bin/env python

#!/usr/bin/env Rscript

内容六：输出流和后台

bash test.sh 1>test.log 2>$1

1是标准输出流，2是标准误输出流

tail -f nohub.out
# 可以实时查看命令

结尾：Linux的内容实在太干了，感觉要反复练习好久才能掌握。一个3小时的直播回发要反复拖回来看，学习起来要花至少5小时，再接再厉吧~

生信技能树，生信马拉松，卖萌哥

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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