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单细胞测序中影响建库浓度低的原因有哪些?

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哟哟的养乐多
发布2024-02-18 13:40:10
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发布2024-02-18 13:40:10
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文章被收录于专栏:single cellsingle cell

影响基因文库构建的因素有哪些?

  • 建库:把基因组序列随机片段化成小片段,再构建成与测序平台匹配的长度和结构的过程。 如果文库上机测序的浓度很低,样本在FlowCell 上扩增所形成的DNA样本簇就会很少,测序数据量也会随之减少,从而导致测序实验失败。
  • 因素包括:实验前准备、基因组DNA片段化、末端修复、加A、接头连接、磁珠纯化、PCR扩增。 -- 磁珠准备:磁珠提前置于室温30分钟平衡,以保持磁珠活力。同时使用前需充分混匀; -- 末端试剂&加A接头:末端修复试剂加入准确,否则易导致DNA的粘性末端变为平末端的修复程度差;加A与接头T互补配对,增加接头连接效率。 -- 磁珠纯化:优先吸附大片段。先大片段再小片段;酒精现用现配(不可使用常温储存的酒精); -- PCR扩增:避免试剂多加或者漏加,操作不当会导致建库失败;

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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