空间转录组学习手册合辑

近年来空间转录组的各类平台层出不穷，其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Scanpy等工具分析空转的学习手册，包含代码、学习手册、测试文件和输出结果。希望这些资料可以帮助大家完成各平台空间转录组分析的一站式学习。

文件比较大，各位可以按需下载对应的文件夹：

示例

Stereopy:

包含文件格式转换/读取、SingleR注释、细胞通讯、轨迹分析、转录因子预测等章节：

分析输出图片示例：

Seurat：

包含10X Visium与Slide-seq的分析流程

分析输出图片示例：

Squidpy:

包含空间共现计算、配受体互作分析、空间可变基因计算、图像分割等内容

分析输出图片示例：

Scanpy：

包含降维可视化、空间特异性计算、与scRNA-Seq整合分析等内容

分析输出图片示例：