Day3-小王-linux使用conda进行软件安装与环境配置
原创Day3-小王-linux使用conda进行软件安装与环境配置
原创
用户11008555
发布于 2024-03-06 17:26:04
发布于 2024-03-06 17:26:04
文章被收录于专栏：小王的生信学习
利用conda进行linux软件安装和环境配置
下载与安装conda
- 下载：搜索miniconda的镜像网站，复制下载链接 进入linux，来到目标安装目录，下载文件
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh- 安装与激活
bash Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh按q，跳过
source ~/.bashrc激活conda
conda如果出现一大段，说明激活成功
- 镜像：因为国内下载国外网站的文件比较慢，需要使用镜像，代码如下
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes这是conda进行配置添加、显示下载channel的指令
使用conda
- 观察软件列表
conda list通过这个指令能看到所有已经下载的软件
- 关于环境
conda info --envs查看环境
带*的是激活的环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y添加环境的指令。-n是--name的意思，python代表软件是基于python开发，其他的不用管
conda activate rna-seq激活这个环境
再查看的时候发现这个环境前面带上了*号，同时前面括号里面的也变成了新激活的环境。
不错，感觉今天的内容还比较好玩。早上做实验提的质粒现在感觉手上/身上还是有点臭烘烘的。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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