Day 3-Linux环境下软件安装- CG

1. 什么是Conda？

Conda用于管理Python的软件包，功能强大，涵盖许多领域。在生信领域，应用最多的是Miniconda。是最方便最快捷的软件下载安装工具。

2. Miniconda安装

• 将miniconda安装到biosoft文件夹

ls
cd biosoft

• 搜索引擎搜索“miniconda清华”
• 进入miniconda清华镜像
• 找到最新版64位Linux版本miniconda，复制下载链接
• 运行 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,期间停顿yes，进入协议点击q退出。
• 出现下图表明conda安装成功。
  

3. 安装和配置Miniconda

激活miniconda

source ~/.bashrc

输入命令conda检查是否激活

镜像设置

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

4. Miniconda入门操作

查看当前服务器安装的所有软件

conda list

安装软件Fastqc

conda install fastqc -y
fastqc --help

-y是yes，表明安装过程中所有问题都回答yes。 另外使用conda install fastqc=0.11.7 -y命令可以安装指定软件版本。

出现下图表明安装成功。

5. 不同生信项目下的Conda分身

Conda环境

在生信实战中，每个项目可能需要不同的软件，甚至同一软件要求不同的版本。这时候就需要根据不同分析项目建立conda environment，安装该项目使用的软件。不同conda environment井水不犯河水。

查看当前conda的conda environment

使用命令conda info --envs

如下图，带有*的是当前激活的conda environment

举例：

• 建立转录组数据分析的conda environment,使用如下代码：

conda create -n  rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs

• 激活新的conda环境，后自动进入环境

conda activate rna-seq#激活环境
fastqc#可查看该环境fastqc软件的帮助文档
conda deactivate#退出该环境

内容参考微信公众号 生信星球，自己实践总结。