榕树集-PyMol 更新，进入3.0

前言

PyMol由 Warren L. DeLano所创造，目前由薛定谔公司所维护，是结构生物学方面重要的可视化软件之一，简单易上手。大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新，此次版本为PyMol 3.0，之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。PyMol 3.0 支持全平台，可以直接从官网下载安装，并且申请学术版本license，此处不再赘述。

我之前做过一些PyMol的教学，放在文后，自取。

官网：https://pymol.org/

支持平台

• 64-bit Windows 10 or newer
• 64-bit macOS 12+, including Apple Silicon (M1, M2) with Rosetta 2
• 64-bit Linux, including CentOS 7+, Ubuntu 20.04+, and others (glibc 2.12+)

版本

现在让我们回顾一下Pymol的版本，大家可以看看自己属于哪个版本。

绿标，开源版本：

黄标，PyMol 2:

蓝标，PyMol 3：

更新

整体界面更新较大，但是仍然可以快速上手。

PyMol 3.0

PyMol 2

3.0的启动界面取消了最上方的长条，其实我觉得这样挺好，因为本身用的也非常少，而且pymol上面有个命令行模块，下方同样有个命令行模块，显得多少有点冗余，这次删除了上面的，只保留下面的，我觉得还不错。

右上方保留了重要的绘图，movie，以及构建模块。

左上方则凸显出了选择模式，观看（zoom，orient，rock），以及特殊展示(Presets)。

其中presets是我最喜欢的，其提供了一些默认显示模式以便使用，显示小分子位点，蛋白蛋白相互作用等等。

右下方则改为了：鼠标模式，wizard（一些常用功能以及demo），序列（从S变为了SEQ），摄像，命令行（放大，缩小）

SEQ改的不错，之前很多新手在主界面都找不到PyMol的蛋白质序列显示按钮。

而至于，图像导出，更是广大苦于有结构，却不知道如何展示的同学的福音。

我试了一下，非常丝滑，而且他自己可以进行独立导出，并不需要我们额外再安装ffmpeg等等，非常友好。

而至于最上方的栏目，变化不大，或许有，反正我是第一眼没看出来。

一个小Bug，bug会同步给薛定谔团队。

如果你使用PyMol的demo的Volume Rendering，3.0显示出现了问题。喜提鬼影特效一枚。

让我们来看看2.0的对比

总结：

此次更新让PyMol3变得更为简洁，让科学家可以更加集中于蛋白质结构本身。PyMol2.0在初始界面展示了太多功能，唯恐在初始界面找不到你想要的功能。而PyMol3.0则经过了长期的使用，用户反馈之后，对整体的界面进行了更为友好的优化。

hhh其实我也经常把自己的pymol设置为这样，所以，基本共识是一致的。用处少的就隐藏起来，用处大的就放出来，容易看到但是记不起来的就多写几个字，导出动画还要麻烦安装ffmpeg的就内置一个encoder。什么是重点就扩大什么（蛋白结构）。

PyMol 2 我自己设置的界面

PyMol 3 界面